A kilenctagú testület 6-3 arányban meghozott döntése George Bush amerikai elnök vereségét jelenti abban a vitában, hogy milyen jogosítványok illetik meg a végrehajtó hatalmat a terrorizmus elleni harcban. A bírák nem foglaltak állást a Kuba szigetén lévő támaszponton őrzött külföldi foglyok bűnösségének vagy ártatlanságának kérdéseiben, sem őrizetük emberi jogi vonatkozásaiban, de kimondták, hogy jogukban áll amerikai bírósághoz fordulni panaszukkal. Az alsó fokú bíróságok eddig azzal az kormány érveivel megegyező indokkal utasították el a guantánamói foglyok panaszának a kivizsgálását, hogy nem terjed ki rájuk a joghatóságuk, mivel a támaszpont a nemzetközi jog szerint kubai felségterület.
A washingtoni kormány álláspontja szerint a terrorizmus ellen vívott nemzetközi küzdelemben elfogott személyek nem reguláris kormányhadsereg tagjai, hanem "illegális harcosok", akik nem számítanak hadifogolynak, nem vonatkoznak rájuk a genfi egyezményben rögzített jogok, de azok a jogok sem, amelyeket a köztörvényes bűnözőknek biztosít az amerikai alkotmány. Az ilyen személyeket meghatározatlan ideig fogva tarthatják anélkül, hogy vádat emelnének ellenük vagy lehetővé tennék számukra, hogy ügyvéddel, vagy hozzátartozóikkal kapcsolatba léphessenek. A guantánamói támaszponton mintegy 600 ellenséges harcosnak minősített külföldit tartanak fogva, jelentős részüket már több mint két éve.
A legfelsőbb bíróság egy másik döntésében úgy foglalt állást, hogy az ellenséges harcosnak minősített Jaszem Eszam Hamdi amerikai állampolgárt vádemelés nélkül őrizetben tarthatják ugyan, amint arra a kongresszus felhatalmazást adott, de őt is megilleti az a jog, hogy fogva tartásának jogi alapját megtámadhassa amerikai bírósságon. "A háborús állapot nem jelent kitöltetlen csekket az elnök kezében, ha amerikai állampolgárok jogairól van szó" - jelentette ki Sandra Day O'Connor, a kilenctagú testület egyetlen női tagja, akit még a nemrég elhunyt Ronald Reagan jelölt legfelsőbb bírának.
Az Egyesült Államokban született szaúd-arábiai Jaszer Eszam Hamdit 2001 végén fogták el Afganisztánban tálib fegyveresek társaságában, és ügye vitát váltott ki az alkotmányban biztosított állampolgári jogok és a nemzetbiztonsági érdekek egyensúlyáról. A testület állásfoglalása szerint Hamdinak érdemi lehetőséget kell biztosítani, hogy bebizonyíthassa, alaptalanul tartják fogva.
A kongresszus a 2001. szeptember 11-i New York-i és washingtoni terrortámadások után széles körű felhatalmazást szavazott meg az elnöknek a terroristák elleni fellépésre. Hamdi ügyvédei szerint ez a jogkör azonban nem terjedhet ki arra, hogy ellenséges állampolgároknak minősítve amerikai állampolgárokat tartsanak fogva vádemelés nélkül meghatározatlan ideig.
A testület formai okokra hivatkozva nem foglalt állást a szintén ellenséges harcosnak minősített, a muzulmán vallásra áttért egykori chicagói maffiózó, José Padilla ügyében, aki amerikai állampolgár, és nem külföldön, hanem az Egyesült Államok fogták el terrorizmus gyanújával, amikor hazatért Pakisztánból. Padilla ügyvédei a fogva tartását megtámadó beadványában a legfelsőbb bíróság szerint tévesen nevezték meg Donald Rumsfeld védelmi minisztert olyan személynek, mint akinek illetékessége van a börtönéül szolgáló hadihajó felett. Hamdit és Padillát több mint két éve tartják fogva egy hadihajón a dél-carolinai Charleston kikötőjében.
Amerikai emberi jogi szerezetek szerint a legfelsőbb bíróság döntései a kormány azon érvelésnek a határozott elutasítását jelenti, hogy a terrorizmus elleni harcban a törvények felett áll és tetteit nem lehet felülbírálni.