A flotta 2005. november 8-án hagyta el a kikötőket a JARPA-2 fedőnevű "kutatóprogram" keretében: 935 csukabálna és 10 közönséges barázdásbálna levadászása a cél. Japán ragaszkodik a vadászathoz, mondván, az állatok kifogása elengedhetetlen ahhoz, hogy megfigyeljék a sarki vizek ökoszisztémáját és a bálnafajok közötti versengést. A környezetvédők szerint a kutatási cél csak mese, a vadászat valójában a bálnák húsáért folyik.
2005. december 25-én, karácsony napján megdöbbentő fordulatot vett a "bálnakutatás" az Antarktisz térségében: a feldolgozóüzemént is működő hatalmas bálnavadászhajók egyike súlyosan megsértette a nemzetközi hajóközlekedés szabályait, veszélyeztetve ezzel a a Sea Shepherd bálnavédő szervezet fegyvertelen hajóját, a Farley Mowatot, amely 43 önkéntessel a fedélzetén érkezett a térségbe, hogy megnehezítse a bálnák elpusztítását. A Nisshin Maru - oldalán a félrevezető Research felirattal - a 7-es erősségű antarktiszi viharban néhány méteres közelségben, szabálytalan oldalon közelítette meg a Farley Mowatot. A szélsőséges időjárási viszonyok között kizárólag Paul Watson kapitány lélekjelenlétén és a szerencsén múlott, hogy nem történt komolyabb baleset.
Jóllehet a Nemzetközi Bálnavadászati Tanács (IWC) 1986 óta tiltja a veszélyeztetett bálnafajok vadászatát, Japán, Norvégia és Izland igyekeznek rést ütni a rendeleten. Mivel az IWC a kutatási célú bálnavadászatot bizonyos keretek között engedélyezi, a szigetország - kijátszva az IWC szabályozását - minden évben több száz csukabálnát öl le úgymond tudományos céllal, majd a bálnahús rendre megjelenik az éttermek és szusibárok étlapjain.
A három legnagyobb bálnavadász ország által okozott kár szinte felbecsülhetetlen, hiszen az évről évre elejtésre kerülő állatok a különösen veszélyeztetett fajokból kerülnek ki, így például csukabálnák (Balaenoptera acutorostrata), óriás ámbráscetek (Physeter macrocephalus), trópusi bálnák (Balaenoptera edeni) és a Földön már csak néhány száz egyedet számláló szürke bálnák (Eschrichtius robustus) közül.