A fokhagyma egészségre gyakorolt előnyös hatásait elsősorban a benne található szerves kénvegyületeknek köszönheti. Ezek a vegyületek védelmet nyújthatnak a szív- és érrendszeri betegségek (például az infarktus), valamint a daganatok kialakulása ellen. A fokhagyma véd továbbá a magas koleszterinszint ellen, és gyulladás gátló hatással is rendelkezik.
Ezeknek az előnyös kénvegyületeknek a képződésében kiemelt jelentősége van az allináz nevű enzimnek, amely akkor keletkezik, ha a fokhagymát felvágjuk, vagy összepréseljük. Az allináz nevű enzim hatására alakul ki az illékony allicin, ami egyrészt a fokhagyma átható szagát adja, másrészt erőteljes vírus- és baktériumölő. Továbbá az allicin az, ami zsíroldható kénvegyületekké bomlik, ezek felelősek a már említett gyógyhatásokért.
Több tanulmány is alátámasztja, hogy a hő deaktíválja az allinázt, így a fokhagyma előnyös hatásai főzéskor nem tudnak kibontakozni. Egy kísérletben mikrohullámú sütőben 60 másodpercig, illetve sütőben 45 percig melegítettek fokhagymát. A patkányokkal végzett kísérlet szerint a hőkezelés egyértelműen csökkentette a fokhagyma rákkeltő anyagokkal szembeni védőhatását.
Egy másik tanulmány szerint, ha egy egész fokhagymát hat percig melegítettek, csökkent a vérlemezkék kicsapódását megakadályozó képessége.
A kísérletek szerint azonban, ha a hőkezelés előtt a felvágott, préselt fokhagymát tíz percig állni hagyták, előnyös tulajdonságaiból többet meg tudott őrizni. (Természetesen a tápanyagok megmaradása szempontjából a főzés hossza még így is nagyon fontos tényező.)
Bár a vizsgálatokat patkányokon végezték, egészen biztos, hogy ártani nem fog, sőt, előnyös hatásai lehetnek, ha a jövőben nem egyenesen az ételbe préseljük, szeljük a fokhagymát, hanem felhasználás előtt egy kis időt állni hagyjuk.