Chris Weitz, az Amerikai pite és az Egy fiúról alkotója visszalépett Az Úr sötét anyagai rendezői posztjáról, de nem szállt ki teljesen a filmből, forgatókönyvíróként továbbra is részt vesz a munkában. Weitz a New Line filmstúdió aggodalmaskodása miatt alapvető változtatásokat hajtott végre a történeten, a film alapjául szolgáló könyv ugyanis az egyház elleni küzdelemről és az Isten megbuktatásáért folyó harcról szól.
"Aggodalmukat fejezték ki amiatt, hogy a filmből vallásellenesség érződhet ki" - írta Weitz Az Úr sötét anyagai rajongói honlapján. A díjnyertes trilógia - az Északi fény, A titokzatos kés és A borostyán látcső - egy oxfordi lány, Lyra Belacqua történetét meséli el. A főszereplő hősies küzdelembe bocsátkozik az egyházzal, amely gyerekeken végez kísérleteket, hogy eltüntesse az eredendő bűnt. A harc végső soron a Fensőbbség, egy Isten-szerű figura megdöntésére irányul. Pullman trilógiáját blaszfémiával vádolták a keresztény tanárok és a katolikus sajtó.
A New Line stúdió attól tart, hogy a legenyhébb vallásellenesség is ellehetetlenítené a filmet anyagilag. "Mindent megteszek azért, hogy a film annyira liberális legyen, amennyire csak lehetséges" - ígérte Weitz. "A kifejezésmódon viszont kissé módosítani kell. Nem fogom megváltoztatni a cselszövők természetét és szándékait, de valószínűleg finomabb formában fognak megjelenni."
A forgatókönyvíró meglátogatta Pullmant, aki elmondta neki, hogy "a Fensőbbség bármilyen önkényes hatóságot jelképezhet, amely megfosztja az egyént a szabadságától, legyen szó akár vallási, politikai, totalitárius, fundamentalista vagy kommunista hatalomról". Bár számos keresztény honlap támadja a trilógiát az egyház és Isten szentségtörő ábrázolásáért, Pullman tagadja, hogy könyve vallásellenes lenne.
Weitz azzal indokolta a visszalépését, hogy nem tudna megfelelni a felmerülő "technikai kihívásoknak", pedig 2004 decemberében még úgy nyilatkozott, hogy "élete legfontosabb munkájának" tartja ezt a mozit. "Részben azért, mert ez azon kevés könyvek egyike, melyek megváltozatták az életemet" - mondta egy interjúban.
Weitz kiszállása után a New Line Cinema stúdió több mint ötven rendezővel tárgyalt a munkáról, mielőtt leszerződtették volna Anand Tuckert, a Hilary és Jackie rendezőjét. Pullman állítólag örült Tucker jelentkezésének, ugyanis "érdekesnek" találta az ötleteit.
"Philip Pullman különleges történetének filmre vitele egy valóra vált álom" - mondta Tucker. "Már akkor beleszerettem Az Úr sötét anyagai-ba, amikor először kiadták, és azóta is óriási rajongója vagyok. Philip egy hihetetlenül egyetemes történetet alkotott egy vonakodó hősről, aki nem kevesebbre hivatott, mint az emberiség megmentésére."