A Litvániában született rendező arról is híres, hogy ő alapította a Film Culture magazint, és a New York-i Anthology Film Archives nevű filmarchívumot.
Debütáló filmje az 1962-es Guns of the Trees volt, két évvel később a The Brig-gel pedig elnyerte a velencei filmfesztivál dokumentumfilmes fődíját.
Operatőrként is dolgozott, például Andy Warhol Empire című alkotásán.
Jim Jarmusch filmrendező ezt írta:
Sajnos meghalt Jonas Mekas, az egyik leginspirálóbb művész, akivel valaha találkoztam. Egy kung fu mester költő-változata volt.
Yoko Ono így búcsúzott tőle:
A világ hiányolni fog. Szeretlek, Yoko.
Mekas rövid kísérleti filmjei mellett több mint 20 könyvet írt, és számos egyetemen tanított.