A megszűnő Magyar Vasúti Hivatal (MVH) munkáját az NKH stratégiai és módszertani igazgatóságán főosztály végzi majd, de vezetőjének személyéről még nincs döntés.
Az NKH engedélyező hatóságként kiadja, ellenőrzi, módosítja és visszavonja az országos, térségi, elővárosi, helyi és saját célú vasúti társaságok működési engedélyét. A vasúti infrastruktúra igénybevételének feltételeit és árait az NKH Központi Hivatala ellenőrzi, és szükség szerint megváltoztatja.
A Nemzeti Közlekedési Hatóság látja el a vasút piacfelügyeletét is: ellenőrzi a vasúti szolgáltatásokat, folyamatosan nyomon követi, elemzi a vasúti piacok működését, és arra törekszik, hogy a piaci zavarokat megelőzze.