Számos szabálytalanságot talált az Állami Számvevőszék (ÁSZ) az Alapvető Jogok Biztosának Hivatala (AJBH) ellenőrzése során. Előfordult például, hogy annak ellenére nem folytatták le a közbeszerzési eljárást, hogy az a szolgáltatások becsült értéke alapján meghaladta a közbeszerzési értékhatárt, ezzel megsértették a közbeszerzési törvényt. Ezen kívül a székházként használt ingatlan jogi helyzetének rendezéséről a vagyonkezelési szerződés felülvizsgálata során és az ellenőrzés lezárásáig sem született megállapodás az MNV Zrt. és az AJBH között. Az ÁSZ az alapvető jogok biztosának három, míg az Alapvető Jogok Biztosának Hivatala főtitkárának négy javaslatot fogalmazott meg, amelyekre intézkedési tervet kell készíteniük.
Az ombudsmani intézmény az ellenőrzött időszakban a pénzgazdálkodással összefüggő belső kontrollokat 2011-ben és 2013-ban nem működtette megfelelően, és azok 2012-ben sem feleltek meg teljes körűen a jogszabályokban és belső szabályzatokban foglaltaknak.
A kötelezettségvállalással terhelt előirányzat-maradvány megállapítása és kimutatása 2011-ben és 2012-ben nem felelt meg, 2013-ban pedig nem teljes körűen felelt meg a jogszabályi előírásoknak és belső szabályzatoknak. Az intézmény ezzel kapcsolatosan megsértette a számviteli törvényt és az államháztartás rendjéről szóló jogszabályokat, amelynek következtében az ÁSZ a 2013. évi zárszámadás ellenőrzéséről szóló jelentésében az AJBH beszámolóját elutasító záradékkal látta el.