Lehetetlen eldönteni, hogy költségvetési szervként működnek-e tovább a katonai egészségügyi intézmények, vagy ugyanaz a sors vár rájuk, mint a szakminisztérium háttérintézményeire, amelyeket az elmúlt másfél évben közhasznú társaságokká alakították. A dilemmát az okozza, hogy Szabó János szakminiszter a Tárcatükör című nyilvános fórumon valójában saját (63/2001. számú) utasítását cáfolta. A 2001. szeptember 28-i keltezésű dokumentum szerint a Központi Honvédkórházat, a Kecskeméti Repülőkórházat, a Hévízi Rehabilitációs, valamint a Balatonfüredi Kardiológiai Intézetet és a Verőcei Betegotthont 2002. március 31-vel megszüntetik és ezzel egy időben a honvéd-egészségügy intézményeit 2002. április 1-jétől közhasznú társaságként működtetik. A székhely Budapesten, a Róbert Károly körúton lesz. Az átalakításban érintett szervezeteknél e hónap 31-ig teljes körű, "mennyiségi felvételen alapuló leltározást" hajtanak végre. A feladatok ellátására munkacsoportokat hoztak létre, vezetőiket és tagjait név szerint kijelölték, munkájukat a tárca közigazgatási államtitkára, Perenyei Tamás felügyeli.
A miniszter november 15-én a nyilvánosság előtt kijelentette: meggondolták magukat, nem lesz átalakítás. Nem lehet tudni, mi történt az elmúlt két hétben, ami miatt Szabó Jánosnak nem csupán szeptember végi utasítását kellett cáfolnia, hanem azt az október 29-én dátumozott levelet is, amelyet Juhász Ferenc országgyűlési képviselőnek írt. A szocialista honatya furcsállotta, hogy a honvéd egészségügy teljes szétverését jelentő átalakítási forma ismét napirendre került.
A miniszter leveléből valójában az derül ki, hogy az egészségügyi rendszert működtető 2000 ember "létszámfölösleggé" vált, mivel helyzetük még akkor is bizonytalan volt, amikor a tárca és a vezérkar már elérte az Országgyűlés által jóváhagyott 45 ezer fős békelétszámot. A katonai vezetők nem tudták "kigazdálkodni" őket. Végül a honvéd vezérkar 2001 augusztusában kinyilvánította: javasolja a katonai egészségügyi rendszert közhasznú társasági formában való működését.
Szabó János október végi levelében leszögezi, a honvédegészségügy kht.-ba való kiszervezését kormányhatározat írja elő. Ha viszont a Műegyetem fórumán tett kijelentése érvényes, akkor ez azt jelenti, hogy az említett kormányhatározatot vagy a hadügyi tárca, vagy valaki más "sztornírozta".