1991. július 18. - Az atomerőmű egyes blokkjában 01 óra 05 perckor a Nemzetközi Nukleáris Eseményskála szerinti egyes fokozatú, azaz legalacsonyabb szintű üzemzavar (rendellenesség) történt: a reaktor nyomásmérő rendszerének egyik impulzusvezeték csatlakozásánál a kötőelem (hollander) tömítése meghibásodott. A bekövetkezett tömörtelenség miatt a kiáramló gőz abban a helyiségben lévő néhány mérőberendezés meghibásodását okozta, aminek következtében a reaktorvédelem működésbe lépett és a reaktort leállította. A hibafelderítés és -elhárítás érdekében a blokkot lehűtötték, és miután a helyét behatárolták, a tömörtelenséget megszüntették. A reaktort július 23-án újra bekapcsolták az országos hálózatba. Személyi sérülés és radioaktívanyag-kibocsátás a környezetbe nem történt.
1993. szeptember 15-16. - Kisebb üzemzavart tapasztaltak, amikor az erőmű 2. számú blokkján a szokásos évi üzemanyagcsere és karbantartás folyt, amelynek során a leállított és lehűtött reaktorban termelődő maradvány hőmennyiséget, az úgynevezett természetes keringés fenntartásával folyamatosan elvezetik. Szeptember 15-én az éjszakai órákban a hűtés hatékonysága átmenetileg csökkent, a reaktorban lévő hőhordozó (bóros víz) hőmérséklete az üzemviteli szabályzatban rögzítettet meghaladta. A természetes keringési állapotot helyreállították, és a szükséges hőelvonást biztosították. A készenléti biztonsági hűtőrendszerek bekapcsolására nem volt szükség. A nukleáris fűtőelemek nem károsodtak, a környezetbe radioaktív anyag nem került. Az esemény a hét fokozatú nemzetközi nukleáris skálán 1-es szintű volt.
1994. július 14. - Rendellenességnek minősülő üzemzavar történt, amikor az atomerőmű 4. számú blokkjának az üzemzavari reaktorhűtést biztosító három biztonsági rendszere közül az egyikben tervezett karbantartást hajtottak végre, s ellenőrzéskor észlelték, hogy a második, nagynyomású üzemzavari hűtőrendszer szivattyúja olyan állapotban volt, amelyben nem tudta volna maradéktalanul teljesíteni funkcióját. A maradék biztonsági rendszer azonban teljes mértékben üzemképes volt. Az eseményt az erőmű a Nemzetközi Atomenergia Ügynökség hétfokú skáláján 1-es fokozatúra minősítették.
1995. november 8. - Az atomerőmű 2-es blokkjában egy ellenőrzés során műszaki hibát fedeztek fel: a szabályozó rendszer egyik eleme, az úgynevezett szabályozó rúd beszorult, s ezért a blokkot le kellett állítani. 14-én a beszorult szabályzórúd kiemelése után megállapították, hogy idegen test - egy két centiméter hosszú rozsdamentes acéldarabka - volt a reaktorban, nehezen hozzáférhető helyen. Eltávolítása után november 20-án újraindították a leállított reaktort. A javítási munkálatok alatt 460 megawattal kevesebbet termelt az erőmű.
1995. december 15. - Rendellenesnek minősített esemény történt, amikor a maximális teljesítménnyel működő erőmű 1. blokkjának reaktorában az egyik szabályozórúd szándékolatlanul alsó helyzetbe került. Az üzemeltető személyzet a hiba okát öt percen belül felderítette és elhárította. A rendellenesség során a reaktor biztonsági szintje nem csökkent, így az esemény felkerülése a hétfokozatú Nemzetközi Nukleáris Eseményskálára nem lett volna indokolt. A vizsgáló bizottság az illetékes hatósággal egyetértésben, a Nukleáris Biztonságtechnikai Felügyelettel mégis úgy döntött, hogy az eseményt a legenyhébb, 1. fokozatba sorolja. Később, az 1996-os rendellenességgel kapcsolatban végzett összehasonlító anyagvizsgálat megállapította, hogy ezt is nagy valószínűséggel a hőcserélőben hagyott zárólemezből letört fémdarabka okozta. Az összegyűjtött új ismeretanyag birtokában az Országos Atomenergia Hivatal Nukleáris Biztonságtechnikai Felügyelete az erőmű szakértőivel egyetértésben az eseményt 2. fokozatúnak, azaz üzemzavarnak minősítette a hétszintű Nemzetközi Nukleáris Eseményskálán.
1996. augusztus 20. - A kettes számú reaktor primer köri hűtőrendszerében egy maréknyi fémtörmeléket találtak a szokásos évi karbantartás alatt. A karbantartás idejére augusztus elején leállított blokkot a fémtörmelék eltávolítása miatt a tervezett időnél öt nappal később, október 16-án indították újra. A később lezárult vizsgálat szerint a fémlemez-törmelékek az 1995-ös karbantartás során az egyik hőcserélőben bennmaradt ideiglenes zárólemezről kerültek be, amelyet éppen abból a célból helyeztek oda, hogy megakadályozzák az idegen tárgyak behullását. A lemez az áramlási ütközések és rezgések hatására lassan széttöredezett, eljutott a rendszer más berendezéseibe is. A karbantartások biztonságát növelő intézkedésekre került sor.
1997. június 17. - Az erőmű 1. számú blokkján, a szokásos évi nagykarbantartást követő újraindításkor rövid ideig nem tervezett üzemi állapot alakult ki. Az eseményt a hétfokozatú Nemzetközi Nukleáris Eseményskálán a legalacsonyabb - rendellenességnek minősített - 1. fokozatba sorolták. A fűtőanyag-cserével egyidejűleg - biztonságnövelő intézkedések keretében - szivattyúkat telepítettek át a hagyományos, inaktív erőművi részben. A blokk újraindításának ellenőrző próbái során az áttelepített szivattyúkat az indulás után leállította a védelmi automatika - a csapágyhűtés feltételezett hibája miatt leállította -, de kézi kapcsolással ismét indíthatók voltak. Az irányítástechnikai hiba elhárítását követően ismételt ellenőrzésekkel és sikeres próbákkal folytatták a reaktorblokk indítását.
1997. augusztus 20. - A paksi atomerőmű 3-as blokkjában történt "nem tervezett üzemi esemény": az új turbinaszabályzó rendszer próbái után a hat gőzfejlesztő berendezés egyikében a vízszint folyamatos növekedését észlelték, melynek eredményeként az automatikus védelmi rendszer a reaktor működését leállította. A reaktor teljesítményének szabályozását, illetve működésének leállítását végző 37 szabályozórúd egyike nem süllyedt be a reaktorba, hanem egy közbenső helyzetben megállt. Többlépcsős ellenőrzéssel feltárták, hogy a nem mozgó szabályzórúd hajtórendszerében lévő felesleges alátét-darabka okozta a reaktoron kívüli hibát. Az erőmű szakemberei ezután szétszerelték a reaktort és alapos belső - víz alatti kamerás - vizsgálatnak vetették alá. A reaktor belsejében azonban semmilyen rendellenességet nem találtak. A hajtómű gyártója és az időszakos revíziókat elvégző cég, a pilzeni Skoda Művek emberi mulasztásban jelölte meg a hiba okát és a Paksi Atomerőmű Rt.-nek küldött levélben vállalta a felelősséget az elkövetett szerelési hiányosságért. A több napos munka után szeptember 4-én megindították a reaktorban a láncreakciót.
1998. július 7. - A működésbeli fennakadás a karbantartás során történt, amikor az atomerőmű 3. blokkjának teljesítményét fokozatosan csökkentették, majd leállították a transzformátor javításával kapcsolatos munkák elvégzése érdekében. A leállítást végző 37 szabályozórúd egyike nem süllyedt be teljesen a reaktorba, hanem egy közbenső helyzetben megállt. Az üzemeltető személyzet észlelte a meghibásodást, majd elvégezték az ellenőrző mozgatási próbákat; ekkor a szabályzórúd ismét hibátlanul működött. Az esemény a hét fokozatú skálán az esemény 1-es, azaz rendellenesség minősítést kapott.
1998. szeptember 7. - Az erőmű hármas blokkján a sótlanvíz-rendszer egyik tartályának biztonságtechnikai felülvizsgálatát készítették elő, ami a rendszerről való leválasztást jelenti. Ezután a próba során tárta fel a személyzet, hogy a III-IV. blokk kiegészítő üzemzavari tápvízrendszerének egy-egy szivattyúja is kizáródott. Az eseményt a hét fokozatú skálán az esemény 1-es, azaz rendellenesség minősítésbe sorolták.
1998. november 12. - A Paksi Atomerőmű 3. blokkján a szokásos tervezett ellenőrzés során az üzemeltetési szabályzat előírásától eltérő állapotot észleltek, az egyik biztonsági befecskendező rendszer tartályában az egyik vegyszer koncentrációja a szükségesnél öt százalékkal alacsonyabb volt. A tároló tartályban a vegyszer-koncentrációt helyreállították. Hasonló módon a 4. blokkon egy másik hűtőrendszer tartályából vett vízminta vizsgálata feltárta, hogy a hűtővíz kémhatását beállító vegyszerre vonatkozó koncentrációérték is - minimális mértékben - az említett szabályzatban rögzített korlát alatt van. A kivizsgálás szerint az előírástól eltérő állapot mindkét esetben már korábban is fennállt, ezért az üzemi eseményeket "rendellenességnek" minősítették és a hét fokozatú Nemzetközi Nukleáris Eseményskálán a legalsó, 1-es fokozatba sorolták.
1999. március 24. - A legenyhébb rendellenességi fokozatba sorolt szerelési hiba történt a Paksi Atomerőmű 2. blokkjának szokásos évi karbantartása során. Az üzemen kívül helyezett blokkon elvégezték a reaktor szétszerelését, majd a műveletet követő ellenőrzéseknél kiderült, hogy egy szerelési segédeszköz nem megfelelő működése folytán feleslegesen kiemeltek egy szabályozó rudazatot. Az eseménynek nem volt biztonságot érintő hatása a leállított reaktornál.
2000. március 23. - Az atomerőmű 2. reaktorának március 11-én elkezdett szokásos évi fűtőanyagcseréje és karbantartása során a robot, amely a fűtőanyagot megfogja és a mozgatását végzi, az egyik hőmérséklet-érzékelő berendezés védőcsövét deformálta. A minősítő skálán nulla fokozatot sem elérő eseményt azért minősítették első fokozatú rendellenességnek, mert a berendezésnél egy korábbi műszaki módosítás során nem tartották be maradéktalanul az illetékes hatóság követelményeit.
2000. szeptember 25. - Aznapi jelentés szerint az előző napokban az atomerőmű 1-es és 2-es blokkján a tervezett biztonságnövelő intézkedések végrehajtása során a nukleáris gőzfejlesztő rendszeren átalakításokat hajtottak végre, amelyek bizonyos üzemállapotokban az atomreaktor hűtőkörének hatékonyabb nyomáscsökkentését célozták. A munkálatok elvégzése után a hűtőrendszer egyes szivattyúinak terhelhetőségét is módosítani kellett volna, de ez késve történt meg, ami átmenetileg az engedélyezési feltételektől való eltérést jelentett. Az eseményt a hét fokozatú Nemzetközi Nukleáris Eseményskálán 1. fokozatúnak, azaz rendellenességnek minősítették.
2001. június 22. - Tűz ütött ki a Paksi Atomerőmű 2-es blokkjában, amit az oltórendszer gyorsan lokalizált és el is oltott. Június 29-én megállapították, hogy a vizsgálatok szerint valószínű hibás kábelfektetés miatt keletkezett elektromos zárlat okozta a tüzet. Az eseményt előzetesen a hétfokozatú nukleáris eseményskála előírásait figyelembe véve skála alatti, nulla fokozatú eseménynek minősítette az erőmű biztonsági szervezete.
2002. február 21. - A Paksi Atomerőmű 3-as számú blokkjában kisebb rendellenességet észleltek, amelyet rövid időn belül megszüntettek. A műszaki problémát az okozta, hogy az atomerőmű 3. számú blokkján egy levegőcsatorna csatlakozásánál szökött a levegő, így csökkent a szellőzés, a léghűtés hatékonysága. Ennek következtében az erőművi blokk központi részét képező, vastag falú, nagy tömegű betonszerkezet néhány pontján a hőmérséklet túllépte a szokásos üzemi hőfokot. A beton hűtését az üzemeltető, karbantartó személyzet helyreállította. Az esemény a Nemzetközi Nukleáris Eseményskálán a legalacsonyabb, 1-es besorolást kapta.
2002. március 25. - A Paksi Atomerőmű 3-as számú blokkjánál zárlatos lett egy nyomáshatároló szelep elektromágneses segédberendezése. Április 7-én kijavították a műszaki hibát, mely alapvetően nem befolyásolta a blokk biztonságát, de mivel ugyanitt februárban hasonló jellegű meghibásodás történt, a szakemberek az eseményt a Nemzetközi Nukleáris Eseményskála legalacsonyabb 1-es fokozatába sorolták.
2003. április 10. - Radioaktív gáz megjelenése miatt felfüggesztették a Paksi Atomerőműben a 2. számú blokk reaktorának március 28. óta folyó karbantartási munkálatait. Április 17-én befejezték az ideiglenesen telepített fűtőanyag tisztítórendszer szétszerelését, fedelének leemelését a gázszivárgás körülményeinek kivizsgálása keretében. Víz alatti tévékamarákkal megvizsgálták a 30 fűtőanyagköteget tartalmazó tisztítótartály belsejét és megállapították, hogy a kötegek többsége jelentősen megsérült. Az új tények ismeretében az üzemzavart a korábbi 2-es minősítés helyett 3-as fokozatba sorolták.