Zsidó orvosok deportálásáért felelős államtitkárról kapta nevét a kormány egészségügyi programja. Johan Béla nem csak a harmadik - 1941-es - zsidótörvény előkészítésében vett részt, de 1944 tavaszán több ezer munkaszolgálatos zsidó orvost és gyógyszerészt fosztott meg állásától. Johan intézkedése miatt a legtöbb zsidó orvost deportálták, ami sokaknak az életébe került.
A háború kezdeti szakaszában Johan még kiállt amellett, hogy a numerus clausus értelmében állásuktól megfosztott zsidó orvosok és gyógyszerészek munkában maradhassanak azokon a területeken, ahol súlyos orvoshiány volt - írja cikkében a Magyar Narancs. Ezt elsősorban Keresztes Fischer Ferenc belügyminiszter szorgalmazta, mivel az ország egyes területein (például Erdélyben és a Felvidéken) az orvosok jelenős része zsidó volt, így ezek az országrészek egészségügyi ellátás nélkül maradhattak volna.
A belügyminiszter intézkedése értelmében az egyébként állásuktól megfosztott zsidó orvosok 1941-től szakmai gyakorlatot végezhettek. Egy évvel később lehetővé tették, hogy munkaszolgálat keretében dolgozzanak tovább orvosként, 1944 márciusában pedig az üzemorvosoknak biztosítottak hasonló lehetőséget. Az intézkedéseket - amely sok orvosnak a túlélést, a deportálástól és a koncentrációs tábortól való megmenekülést jelentette - Johan is támogatta. Annak ellenére, hogy a Magyar Orvosi Kamara és a Magyar Orvosok Nemzeti Egyesülete a teljes numerus clausust, azaz az egészségügyben dolgozó összes zsidó állásától való megfosztását követelték.
Jelentősen megváltozott azonban Johan viselkedése 1944-ben. A Sztójay-kormány államtitkáraként először még ellenállt az orvosi kamara követelésének, hogy bocsássák el a zsidó orvosokat, április után azonban már maga döntött erről. Johan azonnali hatállyal megszüntette az összes - közel 2000 - munkaszolgálatos orvos és gyógyszerész munkaviszonyát és elbocsátotta őket.
"Nem volt nyíltan harcos és gyűlölködő antiszemita, és a nácikat sem szolgálta ki korlátlanul. A helyzet ennél rosszabb" - írja Johanról cikkében a Magyar Narancs. A cikk szerint ugyanis, ha Johan nem is tudott arról, hogy az állásuktól megfosztott orvosokra deportálás és halál vár, akkor is kifogásolható, hogy munkájukat jól végző embereket fosztott meg állásától és bocsátott el nyugdíj nélkül. Vitatható Johan döntése azért is, mert a zsidó orvosok munkájuktól való megfosztása az ország több részén tönkretette az egészségügyi ellátórendszert: 1944 májusától számos panasz érkezett a kormányhoz az orvosok elbocsátása után leromlott ellátás miatt.
A Sztójay-kormányban való részvétele és a második világháború idején kifejtett politikai tevékenysége ellenére Johannak 1945 után nem kellett megtorlással szembenéznie. Bár 1950-ben pert indítottak ellene, azt később megszüntették. A cikk szerint azért, mert szakmai tudása nélkülözhetetlen volt.
Az [origo] az ügyben megkereste az egészségügyi minisztériumot is, eddig azonban nem érkezett válasz arra a kérdésünkre, hogy a kormány összeegyeztethetőnek tartja-e Johan második világháborúban kifejtett tevékenységét és a kormány róla elnevezett hosszú távú egészségügyi programjának szellemiségét.