1998 és 2002 között egyike volt azoknak az akkori ellenzéki képviselőknek, akik a legtöbbet támadták az Orbán-kormányt állítólagos korrupciós ügyek miatt. Felemelte a szavát Simicska Lajos APEH-elnöksége ellen, bírálta Orbán Viktort édesapja Dunaferrel kötött szerződése miatt, vizsgálatot követelt a Joszip Tot-Kaya Ibrahim-ügyekben, valamint a Defend Kft. megbízásai kapcsán is. Bár részt vett "Az Orbán család állami forrásból történő gazdagodása, különös tekintettel a szőlőbirtokokra" elnevezésű parlamenti vizsgálóbizottság munkájában, ahol fáradhatatlanul faggatta a Fidesz elnökét, a mostani ciklusban nem annyira jobboldali, hanem balliberális politikusok támadásával tűnt ki.
2004 nyarán például egy SZDSZ-es rendezvényen előállt azzal, "kérdezzük meg a népet, alkalmasnak tartja-e Medgyessy Pétert miniszterelnöknek", majd hozzátette, hogy a közvélemény-kutatások szerint az emberek nem gondolják annak, és ha ez így van, "akkor húzzon el, és az MSZP keressen másik miniszterelnököt". A pártvezetés ezután bocsánatkérésre kényszerítette Eörsit, akinek ugyanakkor vigaszt jelenthetett az, hogy nem sokkal később Medgyessy valóban rákényszerült arra, hogy szedje a sátorfáját.
Legutóbb pedig a szabad demokrata - igaz, párttagságát szüneteltető - Mécs Imrét támadta élesen, amikor az úgy döntött, hogy az MSZP színeiben indul az országgyűlési választásokon. A szorgalmas naplóíró Eörsi honlapján azt írta, tudomása szerint Mécs a szocialisták listás helyét megvásárolta azzal, hogy az államfőválasztáskor a többségi liberális állásponttal szembehelyezkedve Szili Katalinra szavazott. (Utóbb egyébként Mécs határozottan tagadta, hogy előre egyeztetett volna ez ügyben az MSZP-vel.)
A belpolitikai csetepatéknak annak ellenére gyakori szereplője, hogy szakpolitikusként alapvetően külpolitikával foglalkozik. A rendszerváltás utáni első parlamenti ciklusban ugyan először közjogi témákra szakosodott, de aztán párttársa, Szent-Iványi István átcsábította a külügyi területre, amiért Eörsi saját bevallása szerint azóta is hálás. A Horn-Kuncze-kormány alatt rövid ideig, 1997. májustól 1998. júliusig a Külügyminisztérium politikai államtitkáraként dolgozott, így akkor teljes munkaidőben hódolhatott a nemzetközi ügyeknek.
Az Orbán-kormány alatt sem csak a hazai korrupciós ügyekkel foglalkozott, tagja volt ugyanis az Európa Tanács magyar parlamenti delegációjának. Miután a Medgyessy-kormány szakított az előző balliberális koalíció gyakorlatával és nem vegyes minisztériumokat hozott létre, így Eörsinek nem jutott hely a Külügyminisztériumban, a parlamentben ugyanakkor kárpótolhatta magát a külügyi bizottság alelnöki és az európai integráció ügyek bizottság elnöki posztjával. A jogász végzettségű Eörsi alapító tagja az SZDSZ-nek, és mindig előtérben volt ugyan, a párt vezetőségének, az ügyvivő testületnek 1991 és 2003 között nem volt a tagja.