Több esetben is Magyarország ellen foglalt állást Sajó András az Emberi Jogok Európai Bírósága (EJEB) előtt zajló ügyekben. Az EJEB neve azért vált ismertté a magyar nyilvánosságban, mert néhány hete elmarasztalta a magyar államot két bangladesi bevándorló esetében, akiket a magyar hatóságok kiutasítottak az országból. Ezért 3-3 millió forintot ítéltek meg a migránsoknak, az őket képviselő Helsinki Bizottságnak pedig 2,7 millió forint perköltséget állapítottak meg. Mindezt a magyar kormány álláspontja szerint minden jogalap nélkül tették.
Sajó bírói karrierjét a Magyar Idők mutatta be egy mai cikkében, amelyben többek között emlékeztettek rá, hogy Sajó még a Gyurcsány-kormány idején lett a strasbourgi testület tagja, és egészen az alelnöki pozíciójáig vitte.
Az EJEB bírájaként több érdekes ítélethez is volt köze, így például a vörös csillag viselhetőségének kérdésével is foglalkozott.
Ebben az ügyben a bíróság még 2008 nyarán a felperes munkáspárti politikusnak adott igazat Magyarországgal szemben.
Bár a magyar bíró véleményét a magyar ügyekben születő döntéseknél leszavazhatják, a befolyása mégis nagyobb, mint gondolni lehetne, mivel a Magyarország elleni beadványok az ő tanácsához kerültek, és a befogadott ügyeket az általa vezetett iroda készítette elő.
A szóban forgó 2008-as ítélet szerint a magyar állam megsértette Vajnai Attila szabad véleménynyilvánításhoz való jogát, amikor 2005-ben a Fővárosi Bíróság elmarasztalta a politikust önkényuralmi jelkép használatának vétsége miatt.
A Magyar Idők megjegyezte, hogy
Sajó András a horogkereszt viselését sem tiltotta volna.
Persze Sajó meglehetősen liberális szemlélete nem feltétlenül véletlen, a cikk szerint a szakmai pályája még a rendszerváltozás előtt kezdődött. Göncz Árpád jogi tanácsadójaként is tevékenykedett, az SZDSZ-es Eörsi Mátyás pedig egy országgyűlési felszólalásában apja három kedvenc tanítványai között emlegette Sólyom László és Sárközy Tamás mellett.
De Sajó körül feltűnik Soros György neve is.
A Magyar Idők szerint az nem teljesen tisztázott, hogy milyen kapcsolatban állnak egymással, de az tény, hogy 1991–92-ben a Közép-európai Egyetem (CEU) jogi karának alapító dékánja volt, majd az egyetem tanáraként dolgozott. A lap megjegyzi, hogy erre való tekintettel talán nem meglepő, hogy a liberális jogvédő szervezetek – amelyeknek anyagi érdekük is fűződhet ahhoz, hogy nyerjenek – nagy megelégedettséggel nyilatkoztak Sajónak az EJEB-nél végzett munkájáról.
Az EJEB bíráit kilenc évre választja az Európa Tanács parlamenti közgyűlése. A magyar jelöltről tavaly kellett döntenie Magyarországnak. A nyílt pályázaton Paczolay Péter nyert, akit idén januárban választották be a strasbourgi testületbe.