A magyar kormány még 2015 decemberében fordult az Európai Unió Bíróságához, hogy kérje a 120 ezer menedékkérő áttelepítését célzó, kötelező jellegű mechanizmus megsemmisítését, amelyet az uniós belügyminiszterek minősített többségi szavazással, többek között Magyarország ellenkezésének dacára fogadtak el néhány hónappal korábban.
A keresetben tíz, tartalmi és eljárásjogi érvre hivatkozva kérték a tanácsi határozat, de legalább azon rész megsemmisítését, amelynek értelmében Magyarországnak 1294 menekültet kellene befogadnia, 988-at Görögországból, 306-ot pedig Olaszországból. A kormány elsőként arra hivatkozott, hogy a
kvótákról szóló határozatból hiányzik a felhatalmazás, és azt az uniós szabályok alapján nem is lehetett volna elfogadni.
Aggályosnak tartotta azt is, hogy a kvótákról szóló átmeneti rendelkezések két-három évre szólnak, holott a bírói gyakorlat korábban fél évben állapította meg a hasonló szabályok érvényességét.
A magyar fél szerint az uniós tagállami kormányokat tömörítő tanács ráadásul megsértette az EU működéséről szóló szerződés azon pontját, amely kimondja, hogy a kötelezően a bizottság javaslata alapján hozandó határozatok esetében a javaslattól csak egyhangú szavazással lehet eltérni, továbbá nem biztosította a nemzeti parlamentek – szintén szerződésben rögzített – véleményezési jogát, illetve nem konzultált a tervezet módosított szövegéről az Európai Parlamenttel.
A beadvány szerzői szerint a határozat ellentétes az önkéntes kvótákról szóló korábbi tanácsi döntéssel is, valamint a jogbiztonság és a normavilágosság elve is sérült, hiszen a rendeletből eljárási, garanciális szabályok hiányoznak. Az érvelésben arra is kitértek, hogy nem valósul meg a szükségesség és az arányosság elve sem, és
nem vették figyelembe Magyarország speciális helyzetét a migráció tekintetében.
Az uniós bírósághoz Szlovákia is hasonló beadvánnyal fordult, és később Lengyelország is beavatkozott a felperesek oldalán.
A döntés után Robert Fico szlovák miniszterelnök közölte: Szlovákia tiszteletben tartja az Európai Bíróság kvótaügyben hozott döntését, de a kormány
nem változtat eddigi álláspontján, és tovább munkálkodik majd azon, hogy a tőle elvárt szolidaritás ne a migránsok kényszerű befogadásában öltsön testet.
A szlovák kormányfő szerint a luxembourgi bíróság döntése "nem hozott új minőséget" a kvóták megítélésébe, csak azt mutatta meg, hogy a bíróság másképpen látja azt a döntéshozatali mechanizmust, amelyet Szlovákia a most elutasított keresetben megtámadott.
Hangsúlyozta: Szlovákia továbbra is elutasítja a kötelező kvóták rendszerét.