Batthyány Ignác grófot mindössze 39 évesen, 1780-ban szentelték erdélyi püspökké. A főnemesi rangú főpap tanulmányait Grazban és Rómában végezte, 1766-ban tért vissza Magyarországra. A széles látókörű, művelt gróf egyik kedvtelése a könyvritkaságok gyűjtése volt.
A fiatal püspök jó kapcsolatokkal rendelkezett a császári udvarban, talán ennek is köszönhető püspöki kinevezése, illetve az is, hogy 1791-1792-ben megkapta II. József által 10 évvel korábban feloszlatott Trinitárius Rend gyulafehérvári templomát és kolostorát. Ebben az épületben alakította ki híressé vált könyvtárát, a Batthyáneumot, majd 1794-ben csillagászati obszervatóriumot is berendezett falai között.
A könyvtár alapját az a több ezer kötet képezte, amelyeket itáliai évei alatt vásárolt. Gyűjteményét tudatosan fejlesztette és bővítette az évek alatt. Megbízottján keresztül értékes nyomtatványokat, eredeti okleveleket, leveleket és másolatokat vásárolt, több katolikus alapítású könyvtár részben vagy egészében a birtokába került. A lőcsei egyházi könyvtárat, szepesi prépostság kéziratait is megvásárolta, tételeket szerzett meg a kassai domonkosrendiek és a bárfai plébánia könyvtárából és egyéb gyűjteményekből. Később az alvinci anabaptista hitközség, illetve néhány erdélyi jezsuita kollégium kötetei, feljegyzései is gazdagították gyűjteményét.
Magyar művelődéstörténeti szempontból azért is fontos Batthyány hagyatéka, mert olyan ritkaságok lelhetők fel benne, mint a Gyulafehérvári-kódexben szereplő Gyulafehérvári sorok vagy Gyulafehérvári Glosszák néven ismert feljegyzés, amely a harmadik legrégebbi összefüggő magyar nyelvemlék. A magyar nyelvű bibliai részleteket tartalmazó Döbrentei-kódex, illetve az 1556-63-ban keletkezett Batthyány-kódex, amely a legrégibb ismert kéziratos magyar nyelvű protestáns énekeskönyv, szintén a gyűjtemény része. A könyvek között megtalálható egy nemzetközi jelentőségű 600 kötetes, igen ritka szláv nyelvű kiadásokat is tartalmazó bibliagyűjtemény.
Az 1711 előtti magyar nyelvű és magyarországi nyomtatványok száma kétszáznál is többre tehető. A Batthyáneum őrzi a felbecsülhetetlen értékű, arannyal díszített zsoltároskönyvet a XIII. századból, az esztergomi misekönyvet a XIV. század végéből, amely Henrik csukárdi plébános munkája,
a magyar könyvművészet egyik legelső emléke.
Batthyány püspök még a könyvtár alapítása előtt megvásárolta Migazzi Kristóf Antal bécsi érsek, váci püspök több ezer kötetes könyvgyűjteményét. Ezzel a vásárlással került a Batthyáneum kötetei közé a gyűjtemény egyik legnagyobb értékű kincse, a Codex Aureus. Az említett tétel értékéről némi fogalmat alkothatunk, ha figyelembe vesszük, hogy a kódex a kommunizmus idején Románia nemzetközi kölcsöneinek a fedezete volt. 25 millió dollárra biztosították.
A Batthyáneum egyik legnagyobb értékű darabja a IX. században bőrből készült pergamenre, arany tintával íródott Codex Aureus kódex. Nagy Károly halála után a kódexet a hesseni Lorsch kolostorának adományozták. Innen egyes darabjai más-más városokba kerültek: felső fedele a londoni Victoria and Albert Museumban, az alsó fedele a vatikáni Sacro Museo-ban található. Lukács és János evangéliumát a vatikáni Apostoli Könyvtárban őrzik, míg a Máté és Márk evangéliumának szövegrészeit tartalmazó rész a harmincéves háborúban kifosztott kolostorból a bécsi érsek tulajdonába került.
Batthyány püspök Kolozsvárról Gyulafehérvárra vitette a püspöki nyomdát, kiadványaival szintén a könyvtári gyűjteményt gyarapította. Saját kézirataiból álló magángyűjteményét is a könyvtárban helyezte el. A többi közt a püspökség gazdálkodásával kapcsolatos naplószerű feljegyzéseit, amelyekből kiderül, hogy az egyházi gazdaságot kifogástalan szakértelemmel, alapossággal kezelte.
A könyvtár becsült leltára szerint, több mint ezerkétszáz történelmi értékű kézirat, hatszáz ősnyomtatvány, a XVI–XVIII. században nyomtatott ötvenezer kötet, s mintegy tizenkilencezer történelmi dokumentum található a gyűjteményben.
A Batthyáneum őrzi a Románia területén található középkori latin kódexek 80 százalékát, az ősnyomtatványok 50 százalékát.
Batthyány Ignác 1798 novemberében meghalt. Könyvtára az idők folyamán egyházi és magánszemélyek hagyatékával, adományaival a többszörösére gyarapodott. A könyvtárnak adományozni társadalmi rangot jelentett. Többek között Kováts Miklós, Lönhart Ferenc és Majláth Gusztáv püspökök, illetve Beke Antal, Buczy Emil könyvtára is a Batthyáneumba kerültek. Fogarassy Mihály püspök körülbelül ötezer kötetes könyvtárát szintén a Batthyáneumban helyezték el. Az akadémiai kiadványok jelentős része is helyet kapott az intézmény polcain.
1912-ben a magyar művelődésügyi minisztérium közgyűjteménnyé nyilvánította. Ez azt jelentette, hogy az intézmény a magyar államtól támogatást kapott könyvek vásárlására. Páncéltermet hoztak létre a legértékesebb könyvek őrzésére. Majláth Gusztáv püspök 1912-ben egyházművészeti múzeummal egészítette ki a Batthyáneumot.
A két világháború közötti időszakban a román állam az egyházi birtokokat és a nemesi nagybirtokokat elkobozta, azonban az ingóságokra még nem merték rátenni a kezüket. A kommunista hatalomátvétel után azonban ennek semmi nem szabott gátat. 1949-ben a román állam a gyűjteményt lezárta, és 1950-ben államosította. Kizárólag külön engedéllyel rendelkező kutatók látogathatják a mai napig.
A kommunista diktatúra alatt Márton Áron püspök a megfélemlítések és a bebörtönzése ellenére is harcolt a Batthyáneumért, hogy az ne kerüljön a román állam kezére. Tiltakozása azonban nem sokat ért. 1949 és 1955 között börtönben tartották fogva.
A Batthyáneumot bírósági döntés nélküli, erőszakos úton kisajátították. Márton Áron, börtönből való szabadulása után is folytatta a tiltakozását a törvénytelen állami eljárás ellen, beadványaira azonban egyszer sem kapott választ.
A román kommunista vezetés egy bevált gyakorlathoz folyamodott. 1960 márciusában a gyulafehérvári telekkönyvben az épület tulajdonjogát átírták egy új telekkönyvbe, mint a román állam tulajdonát. A törvényellenes cselekedetet úgy tüntették fel, mintha egy olyan jogi személy ügyében jártak volna el, amelyik feloszlatásra került, alapszabályzata ellentétessé vált a törvényekkel, illetve a szocialista elvekkel.
Bár Márton Áron püspök sosem mondott le az egyházmegye tulajdonjogáról, ennek ellenére a román kommunisták rátették a kezüket Batthyány Ignác hagyatékára.
Márton Áron utódai, Bálint Lajos és Jakubinyi György a rendszerváltás után benyújtották az egyház Batthyáneumra vonatkozó visszaszolgáltatási kérelmét.
Komáromi Attila, a Gyulafehérvári Római Katolikus Főegyházmegye jogtanácsosa, a több évtizede húzódó visszaszolgáltatási perről elmondta, hogy 1998. július 7-én egy sürgősségi kormányrendelet egyszer már visszaadta a Batthyáneum könyvtár épületét az egyháznak. Ez nem vonatkozott az ott lévő könyvtári gyűjteményre.
Az épületátadásra azonban nem került sor, mivel a Szociáldemokrata Párt (PSD) megyei szervezete beperelte az Gyulafehérvári Romai Katolikus Érsekséget, a Román Akadémiát, valamint Románia Kormányát. A feljelentés tárgya az volt, hogy Batthyány Ignác 1798-as végrendeletében a katolikus egyházra és Erdély provinciára hagyta a gyűjteményt. Ezt a PSD úgy értelmezte, illetve azóta ezt az érvelést a román állam képviselői is átvették, hogy a trianoni békediktátummal az Erdélyből származó minden közjavak a román állam tulajdonába kerültek. Mivel a püspök a könyvtárat fele részben Erdélyre is hagyta, annak tulajdonjoga az államot illeti meg, ezért a sürgősségi kormányrendelet szerintük alkotmányellenes, és kérték, hogy az ingatlan továbbra is az állam tulajdonában maradjon.
A tárgyalásokon az állam képviselői Ioan Aurel Pop kolozsvári történészt, a Babes-Bolyai Tudományegyetem rektorát kérték fel a végrendelet lefordítására. Pop természetesen a román állam érdekének megfelelően „fordította" a végrendeletet, amit a katolikus egyház képviselői visszautasítottak.
„Az egykori püspökség, azaz annak jogutódja, a Gyulafehérvári Római Katolikus Érsekség tulajdonjogát vitató csoportok és pártok, Batthyány püspök végrendeletéből kiragadtak egy fél mondatot, és azt próbálták félremagyarázni. Minden szövegértelmezés esetén a teljes szöveget kell figyelembe venni, és a végrendelet teljes szövege alapján, napnál világosabban kitűnik, hogy a Batthyány könyvtárát a mindenkori püspökre, abban az esetben pedig, ha nincs püspöke Erdélynek, akkor a gyulafehérvári székeskáptalanra hagyta" – magyarázza Komáromi Attila.
Az ügy az Alkotmánybírósághoz került. A PSD kérte a sürgősségi kormányrendelet alkotmányellenesnek nyilvánítását és az ingatlan törlését a sürgőségi kormányrendeletből. Az Alkotmánybíróság az Érsekség javára döntött, elvetve a Szociáldemokrata Párt kérését. A tárgyalás visszakerült az alapfokra, a Gyulafehérvári Bírósághoz. Ezután egy hosszú és bonyolult jogi folyamat kezdődött, aminek az lett a vége, hogy mivel az állam továbbra sem volt hajlandó átadni a könyvtárat, ezért az erdélyi katolikus érsekség a strasbourgi Emberi Jogok Európai Bíróságán perelte be a román államot. A bíróság 2012. szeptember 25-én jóváhagyta az egyház keresetét, megállapította, hogy Románia nem tartotta be az Emberi Jogok Európai Egyezményét azzal, hogy tizennégy év alatt nem oldotta meg az ingatlan visszaszolgáltatását. Az ítélet 15 000 euró erkölcsi kár kifizetésére kötelezte a román államot.
„A kifizetése megtörtént, és kértük az Visszaszolgáltató Bizottságot, hogy a határozatot figyelembe véve, minél előbb adják át a könyvtárat. A Bizottság 2015. szeptember 16-án újra elutasította a visszaigénylési kérést azon a címen, hogy a visszaigénylő, azaz a Gyulafehérvári Római Katolikus Érsekség nem azonos a telekkönyvi tulajdonossal.”
2018 júliusában a Gyulafehérvári Táblabíróság újabb ítéletében utasította el a Batthyáneum visszaszolgáltatását. Az Érsekség fellebbezett, a következő tárgyalás 2021 májusában lesz.