Ugyancsak a környező vizekre vezényeltek öt, irányítható rakéták indítására képes amerikai cirkálót és két, ugyancsak rakétákkal felszerelt légvédelmi rombolót. Haditengerészeti riadóegységeket és egészségügyieket szállító kétéltű hajók kísérték a kivezényelt tengeri járműveket.
A John F. Kennedy anyahajó 80 harci repülőgéppel és 1500 főnyi legénységgel a fedélzetén kedd éjjel már a térségben tartózkodott, csakúgy, mint a George Washington anyahajó, amely előzőleg a közelben gyakorlatozott. A Theodore Roosevelt anyahajó legénységét ugyancsak riadóztatták, hogy készüljenek a behajózásra.
Az atlanti-óceáni térséget védő haditengerészeti egységeket a legmagasabb riadókészültségbe helyezték. Az egységek főparancsnoka, Robert Natter a Reuters szerint úgy fogalmazott, hogy a második világháborús Pearl Harbor-i óta nem tapasztaltak ekkora mérvű támadást. A hajókat védelmi feladataik mellett azért is vezényelték nyílt vízekre, mert ott maguk is nagyobb biztonságban vannak, mint a kikötőben.
A terrortámadás elkövetői utáni nyomozás keretében szövetségi ügynökök kutattak Dél-Floridában. Olyanok otthonát keresték fel, akiknek neve szerepel a terrortámadásokhoz felhasznált repülőgépek utaslistáin. A kutatást a média szerint a Miami közvetlen szomszédságában található Davie városára összpontosították.
Miami térségét is sokkolta és megbénította a keddi támadás. A Latin-Amerikához és a karibi térséghez fő kapcsolódási pontot jelentő helyi repülőteret bezárták, a kormányépületeket kiürítették, a dolgozók kedden idő előtt hazamentek a New York-i és washingtoni katasztrófák miatt.