A Bizottság az Unió első számú végrehajtó szerve, amelynek azonban döntéshozatali joga is van. Ez a szervezet adja az Unió apparátusának nagy részét, több mint 20 ezer alkalmazottjával. A Bizottság fő feladata az uniós szerződések felügyelete, azok betartása és betartatása. Amennyiben egy tagállam - és ez gyakran előfordul - nem hajt végre egy döntést, akkor a bizottság először felszólítást küld, majd az Európai Bírósághoz fordulhat. Amennyiben vállalatok sértenek meg versenypiaci szabályokat, a bizottság pénzbírságot is kiszabhat.
Az, hogy a bizottság milyen területeken működik, nagyban függ az integráció folyamatától. A közösségi politikák terén van nagyobb szerepe, ilyen az áruk, személyek, szolgáltatások és a tőke szabad áramlása, a mezőgazdaság, a munkaügy, a pénzügy és gazdaságpolitika, a szociálpolitika.
A Bizottság döntéseket, jogszabályokat készít elő a Parlament és a Tanács számára, valamint ezek is kérhetik a Bizottságot, hogy dolgozzon ki megoldási javaslatokat, például a közös kül- és biztonságpolitika terén.
A bizottság székhelye Brüsszel. Az egész szervezetet Bizottságnak hívják, de az élén áll egy valódi bizottság, amelynek tagjai a biztosok. A testület húsz tagját és elnökét az EU tagállamai jelölik, hivatalukba a Parlament iktatja be őket. Ugyanígy a képviselők - kétharmaddal - dönthetnek idő előtti felmentésükről is. A biztosok és az elnök megbízatása 5 évre szól. A Romano Prodi volt olasz miniszterelnök elnökletével megválasztott bizottság mandátuma 2005 januárjában jár le. Ekkorra már Magyarország is belép az EU-ba, és az ígéretek szerint biztosi poszthoz is jut.
A biztosok ugyan a tagállamok küldöttei, de beszámolással jogi értelemben csak az Európai Parlamentnek tartoznak. Jelenleg minden tagállam legalább egy, legfeljebb két biztost ad, de ez a bővítés után módosul. Várhatóan minden tagállam egy biztost adhat majd.
A Bizottság feladata a bővítés előkészítése, ezt a munkát irányítja Günter Verheugen bővítési biztos. A csatlakozási tárgyalásokat az általa irányított szervezet folytatta le. Magyarország tárgyalópartnere Pierre Mirell francia diplomata volt, aki a Bizottság bővítési főigazgatóságán igazgatói beosztásban dolgozik.
A Bizottság apparátusa ugyanis főigazgatóságokba szerveződve dolgozik. Az EU döntéshozatali mechanizmusának bonyolultságát jól példázza, hogy a főigazgatóságok elnevezése és hatásköre nem egyezik meg a biztosok megnevezésével és feladatköreivel. Van olyan biztos, aki több főigazgatóságot is felügyel, vannak olyanok, akiknek közösen tartozik irányításuk alá egy főigazgatóság, és olyan is akad, akinek nincs ilyen apparátusa.
A Bizottság felel az Unió külkapcsolataiért, így a világ 130 országában működik delegációja. Emellett számtalan nemzetközi szervezetben is vannak EU-képviselők. A Bizottság köti meg a Tanács felhatalmazása alapján a különböző kereskedelmi megállapodásokat az EU-n kívüli államokkal, szervezetekkel. Így Magyarország is a Bizottsággal tárgyal, amikor külső partnerként gazdasági jellegű megállapodásokra készül.
A Bizottság feladata továbbá az Unió költségvetésének végrehajtása, amelyet saját felelősségére végez.