Zoran Djindjic 1952. augusztus 1-jén született Boszniában. Apja katonatiszt volt a jugoszláv hadseregben Tito idején. Egyetemi tanulmányait Belgrádban végezte, ekkor kezdett aktívan politizálni. Az 1970-es években a Jugoszláv Új Baloldal tömörüléshez csatlakozott, melynek tagjai haladó politikai elképzeléseket valló filozófusok voltak. 1974-ben letartóztatták, és több hónapot börtönben töltött, mert antikommunista diákszervezetet akart létrehozni.
Szabadulása után folytatta tanulmányait, majd 1977-ben Németországba emigrált. Frankfurtban, majd Konstanzban tanult, és itt szerzett doktori címet filozófiából Jürgen Habermas tanítványaként. Németországi tanulmányai idején több szélsőséges politikai nézeteket valló csoporttal került kapcsolatba.
Djindjic 1989-ben tért vissza Jugoszláviába. A belgrádi és az újvidéki egyetemen tartott előadásokat. Néhány barátjával 1990-ben alapították meg a Demokrata Pártot. A párt képviselőjeként Djindjic még abban az évben be is jutott a szerb parlamentbe. 1994-ben a párt elnökévé választották. Politikájában ekkor kerültek előtérbe a nacionalista jelszavak, amelyek a délszláv háború idején egyre inkább felerősödtek. Egy alkalommal részt vett egy Radovan Karadzic melletti szimpátiatüntetésen is.
Djindjic 1996-ban pártjával megnyerte a belgrádi helyhatósági választásokat, a Slobodan Milosevic vezette kormányzat azonban nem akarta elismerni választási győzelmét. Ekkor több tízezres békés tiltakozótüntetéseket szerveztek Djindjic támogatására. A közvélemény nyomására végül 1997-ben mégis kinevezték polgármesterré. Ő lett a város első nem kommunista polgármestere a második világháború után.
Sokak szerint Djindjic volt az egyik kulcsembere és irányítója a 2000 októberi belgrádi lázadásnak, amely a választási eredmény meghamisítása miatt tört ki. A felkelés döntötte meg Slobodan Milosevic hatalmát. A Szerb Demokratikus Ellenzék (DOS) választási koalíció vezetőjeként 2001 januárjában szerb miniszterelnökké választották.