A támadást a hadsereg feltevése szerint a helyi Nemzeti Felszabadító Erők (FNL) lázadói hajtották végre Minago falu közelében. Az FNL azonban tagadta, hogy köze lett volna az érsek halálához, és éppen a hadseregre hárította a felelősséget. A burundi hadsereg vezérkari főnöke szerint a főpapot a fején, a vállán és a combján érte golyó.
Az ír származású papot egy helyi kórházba szállították, de már nem tudtak rajta segíteni, mert műtét közben agyvérzést kapott. Courtney 58 éves volt. A Szentszék hétfőn megerősítette Courtney halálának hírét, és mélységes fájdalmát fejezte ki.