A pápa temetése péntek délelőtt tíz órakor kezdődik a római Szent Péter-bazilikában. Addigra lezárják a templomot a ravatalhoz járuló zarándokok elől. A szertartás azzal kezdődik, hogy Piero Marini, Vatikán ceremóniamestere és II. János Pál személyi titkára egy fehér lepellel letakarja a pápa arcát. Utána teste mellé helyezik vörös köpenyét; egy ólomhengert, amibe az életrajzával teleírt papírost raknak; és a lábához tesznek egy kis zacskó érmét abból a sorozatból, amit pápává koronázásakor vertek a Vatikánban. Végül imádkozás közben szenteltvizet hintenek testére, majd letakarják a koporsót. Ezután kezdődik a mise. A pápa koporsója mögött egy gyertya fog égni.
A szentmisét Joseph Ratzinger német bíboros celebrálja. Ő a bíborosok dékánja, vagyis a pápaválasztó testület elöljárója is. Ratzinger mellett áll majd több főpap is, többek között a keleti kereszténység pátriárkái. Ratzingerrel szemben a főoltár előtti lépcsőn foglalnak majd helyet a világi vezetők. Több mint száz ország állam- és kormányfője ül majd itt. A bíborosok mögöttük, a templom apszisánál ülnek majd.
A temetési mise rendje hasonlítani fog egy átlagos gyászmisére, de jóval hosszabb lesz. Hosszabbak lesznek a zenei részek is, több kórusmű felcsendül majd. Többször is csöndes imádsággal szakítják majd meg a szertartást. A szentlecke idején bizonyosan felolvasnak majd az Ó- és az Újszövetségből is. Bizonyos részeket egymás után több nyelven is elmondanak majd, a latin mellett angolul, spanyolul, lengyelül, portugálul és szuahéliül is elhangzanak majd a legfontosabb mondatok.
A pápa testét a hivatalos jelentés szerint nem konzerválják. Korábban a tartósítás érdekében a belső szerveket kivették, de ezt egy 1903-as pápai rendelet megtiltotta. II. János Pál testét azonban bizonyosan preparálják valamilyen módon. A II. János Pál előtti három pápát a római Signorecci család balzsamozta, de ezúttal nem őket bízták meg a feladattal. XII. Piusz 1953-as temetésén kisebb botrányt okozott, hogy a temetésre annyira megromlott a felravatalozott test állapota, hogy leesett az orra.
A mise után a pápa koporsóját az altemplomban temetik el. II. János Pál hármas koporsóba kerül. A holttest egy ciprusfából készült koporsóban nyugszik majd, amit egy cinkkoporsóba helyeznek, ezt egy diófa koporsó védi majd. II. János Pál ugyanazt a sírhelyet kapja, ahová XXIII. Jánost helyezték 1978-ban. A sírhely 2001-ben szabadult fel, ugyanis II. János Pál abban az évben szentté avatta elődjét. A szentté avatottak sírjai pedig a bazilika főemeletén vannak. Sok egyházi ember már most bizonyos benne, hogy néhány év múlva II. János Pált is felhozzák a szentek közé. A mostani sírhelye mellett további 146 pápa nyugszik.