Zvezdan Jovanovic, a vörössapkás osztag néven elhíresült titkosszolgálati kommandó (JSO) egykori helyettes parancsnoka azt hangoztatta a maffiaperekben eljáró belgrádi különbíróság előtt, hogy Jovan Prijic helyettes főügyész és két főrendőr a nyomozati szakaszban nyomást gyakorolt rá, hogy beismerő vallomást tegyen. Azt is hozzátette, hogy Mile Novakovic, a belügyminisztérium szervezett bűnözés elleni főosztályának akkori parancsnoka zsarolta őt.
A vádirat szerint 2003. március 12-én Jovanovic lőtte le a miniszterelnököt a belgrádi kormánypalota melletti irodaház ablakából. A két és fél éve kezdődött per legelején felolvasták Jovanovic rendőrségi vallomását, amelyben a tiszt azt állította, azért lőtte le Djindjicet, mert az első rendű vádlott, Milorad Lukovic, a JSO volt parancsnoka, elhitette vele, hogy a hatóságok osztagbeli bajtársaival együtt kiadják őt a hágai Nemzetközi Törvényszéknek.
Djindjic gyilkosainak pere három-négy hónapon át szünetelt: a bíróság várta, hogy megjelenjenek az eljáráson a wiesbadeni kriminalisztikai intézet szakértői, hogy személyesen is beszámoljanak a gyilkosság körülményeiről készített jelentésükről, a védelem pedig kérdéseket tehessen fel nekik. A német szakértők azonban hétfőn sem érkeztek meg, holott ezt kifejezetten kérte tőlük a szerbia-montenegrói kormány is.
Törvényszéki tudósítók szerint Marko Kljajevic, a bírói tanács elnöke felolvasta a wiesbadeni szakértők táviratát, amelyben közlik: maradnak eredeti javaslatuknál, állnak elébe a meghallgatásnak, de csak Németországban. Kljajevic arra tett javaslatot, hogy június közepén élő videokapcsolattal történjék meg a kihallgatásuk.
A német szakértők 38 oldalas jelentése január elején érkezett meg Belgrádba. A német vélemény szinte mindenben megegyezett a szerbiai kriminológusok jelentésével, csupán 1-2 méternyi különbség volt annak megítélésében, hogy a halálos lövés után Djindjic milyen távolságra rogyott le a kormánypalota bejáratától.