A háborús bűncselekményekben illetékes belgrádi ügyészség közleménye szerint az 1998-99-es koszovói háború idején Berisha - akkor még albán ellenzéki politikusként - a Koszovói Felszabadítási Hadsereg (UCK) egyik legfőbb fegyverszállítója volt.
A Politika című szerb újság értesülései szerint a fegyvereket annak idején Berisha észak-albániai házában adták át a Koszovó függetlenségéért harcoló alakulat embereinek.
Ugyancsak a Politika számolt be arról, hogy Berisha 2008-ban - már miniszterelnökként - utasította az ország biztonsági szolgálatait mindazoknak a dokumentumoknak a megsemmisítésére, amelyek utalásokat tartalmaznak Koszovóban foglyul ejtett nem albán nemzetiségű személyek Albániába történő szállítására, illetve az állítólagos szervkereskedelemmel kapcsolatos meggyilkolásukra.
Vladimir Vukcevic, a háborús bűncselekményekben illetékes belgrádi ügyész szerint 1999-ben és 2000-ben mintegy 400 szerb fogoly és 100 további nem albán nemzetiségű koszovói lakos került a szervkereskedők karmai közé.
Az Európa Tanács (ET) jogi- és emberi jogi bizottságának megbízottja, Dick Marty a közelmúltban Hasim Thaci koszovói miniszterelnököt gyanúsította meg azzal, hogy ő állt a maffiaszerű, szervkereskedéssel foglalkozó hálózat mögött. Mindennek nyomán Szerbia nemzetközi vizsgálatot követelt. Néhány nappal ezelőtt Albánia maga is nemzetközi vizsgálatot kért a Tiranát is érintő vádak tisztázására.