A kormányerők az észak-iraki területek - köztük Tell-Áfár - visszafoglalására indított offenzívájuk során találták meg a két sírt.
A rabokkal nagy valószínűséggel a dzsihadisták végeztek azután, hogy 2014 júniusában elfoglalták a börtönt.
Badust az iraki hadsereg márciusban foglalta vissza a szélsőségesektől a Moszul felszabadítását célzó ostrom keretében.
A pénteken talált tömegsírok nem az elsők, amelyeket az iraki erők Badusban és annak környékén találtak: ugyanitt márciusban iraki félkatonai egységek is egy tömegsírra bukkantak, amelyben az iszlamisták által megölt több száz ember holttestére akadtak.
A börtön elfoglalását követően a dzsihadisták mintegy 1500 szunnita elítéltet engedtek szabadon, és egy ENSZ-jelentés szerint mintegy hatszáz síita rabot öltek meg.
Az Iszlám Állam szunnita szélsőségesei, akik egyre kisebb területeket tartanak ellenőrzésük alatt Szíriában és Irakban is, eretneknek tartják a síitákat, ezért támadásaik során a felekezethez tartozó civileket sem kímélik.
Az iraki kormányerők eközben sikeresen áttörték az Iszlám Állam védelmi vonalait és benyomultak az ostromlott Tell-Áfár központjába - közölte pénteken Jahja Raszúl dandártábornok, az iraki hadsereg szóvivője.
Ryan Dillon amerikai ezredes, az Egyesült Államok vezette nemzetközi koalíció szóvivője csütörtökön bejelentette, hogy Tell-Áfárban a dzsihadistákat teljesen bekerítették az iraki erők.