Ecuador az 1962-es világbajnoki selejtezők sorozatába kapcsolódott be először, de az Argentína elleni kvalifikációs mérkőzéseken nem volt sok esélye a sikerre. Négy évvel később viszont nagy meglepetésre kis híján sikerült kijutnia az angliai tornára. Az ecuadoriak Chilével és Kolumbiával kerültek egy selejtezőcsoportba, és végül Chilével azonos pontszámmal végeztek az élen. Mivel akkoriban a gólkülönbség még nem volt döntő tényező, így pótselejtezőre került sor semleges pályán, Limában, ahol a chileiek 2-1-es győzelmet arattak, így ők utazhattak Angliába.
Ezt követően nem sok sikerélményben volt részük az ecuadori futballszurkolóknak: a vb-selejtezőkön már az is jó eredménynek számított, ha nem végzett az utolsó helyen csoportjában a válogatottjuk, amely a kontinensviadalokon is csak elvétve tudott mérkőzést nyerni. Jellemző adat, hogy Ecuador 1965 és 2000 novembere között idegenben egyetlen vb-selejtezőn sem győzött.
A 2002-es World Cup selejtezőire kinevezett szövetségi kapitány, Hernán Darío Gómez számára a maratoni kvalifikációs tornára való felkészülés nem a legjobban sikerült, és a Honduras elleni katasztrofális játékot követően a szövetségi kapitány kijelentette: amennyiben nem nyerik meg az első selejtezőt Venezuela ellen, akkor lemond posztjáról. A csapat azonban 2-0-ra nyert, Gómez maradt, és végül sikerre vezette az együttest, amely így először szerepelhetett a sportág legrangosabb viadalán. Az ecuadoriak az ázsiai tornán nem okoztak csalódást, remekül helytálltak, pedig nehéz csoportba kerültek, ahol Olaszország, Mexikó és Horvátország volt az ellenfelük. A csapat az első két meccsen is vereséget szenvedett, így az utolsó csoportmeccsen, a horvátok ellen már csak matematikailag volt esélye a továbbjutásra a dél-amerikaiaknak: ehhez két góllal kellett volna nyerniük, ráadásul az olaszoknak ki kellett volna kapniuk Mexikótól. Egyik feltétel sem valósult meg, de Ecuador legalább megszerezte története első győzelmét a világbajnokságokon.
2006-ban már jobban ment, története második vb-részvételekor túljutott a csoportkörön: Lengyelország (2-0) és Costa Rica (3-0) legyőzését követően még a németek elleni 0-3 is belefért. És ha Mora kapus gyorsabban vetődik Beckham szabadrúgásakor, akkor lehet, nem Anglia jutott volna tovább a nyolcaddöntőben.