Pizarro számára nem volt egyszerű a beilleszkedés a fővárosi gárdába, első évében nem is ment jól neki a játék, ám 1999-ben egyszer csak futószalagon kezdte el gyártani a gólokat. A bajnokság első szakaszában, az aperturában (amelyet az Alianza nyert meg) 12 gólig jutott, és a clausura első pár meccsén hatszor volt eredményes, amikor bejelentkezett érte a német élvonalban szereplő Werder Bremen. A brémaiak egymillió fontnak megfelelő összeget fizettek az Európában meglehetősen ismeretlen játékosért, és remek vásárt csináltak vele. Pizarro rögtön az első bajnokiján betalált a Kaiserslautern ellen, és vezérletével a Werder 1999 szeptemberében három meccsen 17 gólt szerzett.
A bajnokságot végül kilenc góllal zárta, a legutóbbi szezonban pedig megduplázta találatainak számát. A brémai szurkolók ennek azonban nem tudtak teljes szívvel örülni, mert jól tudták, hogy a klub nem lesz képes megtartani a gólerős támadót. Sokan biztosak voltak benne, hogy Pizarro Olaszországban vagy Spanyolországban folytatja majd pályafutását, de ő végül a Bayern München ajánlatát fogadta el, és a bajoroknál is eredményesen futballozik.
Korábban: