Hajdu János férficsapatoknál kezdte meg edzői pályafutását, a Testnevelési Főiskolán tanított, emellett több élvonalbeli klubnál (TFSE, Pemű-Honvéd, Elektromos) is megfordult.
Külföldön a Közel-Keleten dolgozott, 1987-1990 között Kuvaitban, majd 1995-tól Szaúd-Arábiában edzősködött, utóbbi helyen 1999-ben szövetségi kapitánynak is kinevezték volna, ám éppen akkor jött a magyar szövetség felkérése is.
1999-ben vette át a férfikézilabda-válogatott irányítását az elköszönő Vass Sándortól, s két akadályon is elbukott. Először Norvégia elleni vb-selejtezőn összesítésben egy találattal maradt alul, a 2001-es, Svájc elleni Eb-kvalifikáción pedig kevesebb idegenben lőtt gól miatt nem jutott tovább együttese.
2001-ben közös megegyezéssel távozott a kispadról, s ismét Kuvaitban vállalt munkát, ebben az évben az Európai Kézilabda Szövetség - a Magyar Kézilabda Szövetség ajánlását figyelembe véve - Mesteredző címet adományozott neki
2002-ben a Váci NK női csapatát irányította egy szezonon át, onnan az MKSZ szakmai igazgatói posztja miatt távozott. 2005-ben közel állt ahhoz, hogy Szaúd-Arábia szövetségi kapitány legyen. Ám az ismert diplomáciai probléma (Gyurcsány Ferenc miniszterelnök a leterroristázta az arab ország futballistáit) miatt elesett a jelentős összegű szerződésajánlattól.
2005 nyarán a távozó Vura József helyett ismét elvállalta a Vác irányítását, ám egy szezon után újra távozott, mondván, a szövetségben végzett szakmai igazgatói munkáját nem tudta összeegyeztetni a klubtréneri tevékenységgel.
Hajdu tavaly a junior nőikézilabda-válogatottat is irányította rövid ideig a Békéscsaba vezetőedzői posztját elvállaló Mátéfi Eszter helyett, irányításával a 8. lett csapatunk a törökországi Izmirben rendezett U19-es Európa-bajnokságon.
"Nagy lehetőség és nagy felelősség is egyben. Szakmai igazgatóként élvezem a munkát, rálátásom van a teljes női mezőnyre. Jött a felkérés, és nagyon sokan segítettek, éreztem a támogatók erejét. Bízom a csapatban, bízom benne, hogy ott leszünk Pekingben. Több válogatott játékossal beszéltem már, akik jelezték nekem, hogy a csapaton belüli feszültség elsimítható, egyszerűen túlérzékenységről volt szó. Sajnálom, hogy Németh András leköszönt, ő ott lesz az elsők között, akikkel beszélni fogok" - mondta székfoglaló beszédében Hajdu János.
Kiss István, az MKSZ elnöke hangsúlyozta: sajnálják, de tudomásul vették, hogy Németh András távozott. Az idő sürget, mert a gárda március 28-30-a között Nimes-ben olimpiai selejtezőt játszik a házigazda francia, az elefántcsontparti, illetve egy ázsiai együttessel. A kvartett első két helyezettje lesz ott az olimpián.
"Nem lehet más cél, mint kijutni Pekingbe, de előbb még sikerrel kell venni a franciaországi kvalifikációs tornát" - tette hozzá Kiss.
Maga a kapitányválasztó elnökségi ülés másfél órás volt, de megelőzte egy kéthetes előkészítő munka, amely során felkutatták a lehetséges jelölteket.