A gyászszertartásra, amelyre a 34 éves klasszis szülővárosában, a Cesena melletti Cesenaticóban került sor, csak a családtagok és a barátok mehettek be. A kint várakozó rajongók ezrei, akiknek többsége sárga karszalagot viselt a Tour de France győztesének járó mezre utalva, hangszóróból hallgathatták a misét.
A templomba - egy helyi fotóst kivéve - nem engedték be a média képviselőit, ugyanis a család jelentős részben az újságírókat okolja a Kalóznak becézett kerekes hosszú éveken át tartó depressziójáért. A kisvárosban, ahol minden ház ablakát Pantani képe borítja, a polgármester szerdára gyásznapot hirdetett, így a boltok, üzletek délután már nem nyitottak ki.
Pantani holttestét szombat éjjel találták meg Riminiben, egy szállodai szobában. A boncolás megállapította, hogy agyi és tüdőödéma okozta a halálát, de hogy ezeket mi idézte elő, azt várhatóan csak hetek múlva tudják megállapítani az illetékesek. A szobában négy különböző antidepresszáns dobozaira bukkantak, amelyek közül több üres volt. Ezek alapján valószínűsíthető, hogy a doppingolás miatt többször eltiltott, depresszióval küzdő kerékpáros - tudatosan vagy véletlenül - túladagolta a szereket.