Pantani 1994-ben még a Tour de France-on is bemutatkozott, ahol újoncként harmadik lett az összetettben, és hazavitte a legjobb fiatalnak járó trikót. 1995-ben egy autó elütötte edzés közben, így az újabb Giro kimaradt, ellenben a Touron már ott volt, és nyert is két szakaszt, az egyiket ráadásul a legendás Alpe d'Huezen.
Ősszel azonban újabb balesetet szenvedett: ezúttal fejjel előre szállt bele egy autóba, és úgy összetörte magát, hogy kérdésessé vált egyáltalán folytatni tudja-e a karrierjét.
Az 1996-os évet szinte teljesen kihagyta, a következőt pedig már új csapatban, a Mercatone Unóban kezdte, miután a Carrera Jeans kiszállt addigi csapata mögül, amelyik így kénytelen volt lehúzni a rolót.
Az új kezdet azonban pont olyan volt, mint az előző időszak vége: a '97-es Giro nyolcadik szakaszán egy fekete macska (nem vicc!) miatt bukott, és ugyan a szakaszt még be tudta fejezni, másnap azonban már nem állt rajthoz. A Tour de France-on tért vissza, ahol két szakaszt nyert, az egyik ismét az Alpe d'Huez volt, ráadásul olyan rekordidővel, amit azóta sem tudtak megdönteni. A 14,5 kilométeres emelkedőt 37 perc és 35 másodperc alatt tette meg, amit soha nem döntöttek meg.
A mai 13,8 kilométerre rövidített részen is ő tartja a rekordot, 1995-ben 36:50 percet repesztett, két évvel később pedig 36:55-öt, de a harmadik legjobb idő mellett is az ő neve van.
Kalóz a csúcson
A sok balszerencse után 1998-ban végre minden összejött Pantaninak. A Girót négyperces hátrányból nyerte meg a Dolomitokban, ahol előbb Alex Züllét készítette ki, majd a nem éppen erősségének számító időfutamon a szakág egyik legjobbját, Pavel Tonkovot is maga mögött tudta tartani.
Vagy sikerül, vagy elbukok mindent. Nem volt más választás. Ki kellett derülnie, ki a legerősebb
- mondta a Montecampione megmászása után, ahol tulajdonképpen megnyerte a Girót. És éppen ezért szerették, akik szerették: Pantani nem taktikázott, ő addig ment, amíg a lábai bírták, amíg a szíve vitte.