A "Császár" és felesége egy hete döntött a különélés mellett, mert a játékosként (1974) és szövetségi kapitányként (1990) is világbajnok Beckenbauer többet szeretett volna törődni házasságon kívül született fiával, Noel Maximilliannal. Az 56 éves sportvezető 1999-ben a klub karácsonyi ünnepségén félrelépett az egyik titkárnővel, s a kapcsolat "gyümölcse" a 2000 augusztusában született gyerek.
Beckenbauer 12 éve nős, második nejével - aki korábban a titkárnője volt - a tiroli síparadicsomban, Kitzbühelben élt. Első házasságából három - ma már felnőtt - fia született.