Duff 1979. március 2-án született az angliai Ballybodenben ír szülők gyermekeként, és pályafutását a Blackburn Roversben kezdte el. Tehetségére igen hamar felfigyeltek, még csak 17 esztendős volt, amikor bemutatkozhatott a Blackburn első csapatában a Premier League-ben, és rendszeresen lehetőséget kapott az ír korosztályos válogatottban is.
Az 1997-98-as pontvadászatban már 26 meccsen szerepelt az angol élvonalban, négy gólt ért el, és 1998-ban már az ír nagyválogatottban is pályára léphetett a csehek ellen. A következő esztendőben még a juniorvébén is játszott, a Premier League-ben pedig 28 találkozón szerepelt, egy gólt ért el, amivel nem tudta megmenteni a Blakcburnt a kieséstől.
A Rovers másodosztályú szereplésével az ír válogatottból is kikerült, ám miután a klub edzője Graeme Souness lett, ismét remek formába lendült. Vezérletével a Blackburn előbb visszajutott az élvonalba, majd az előző idényben megnyerte a ligakupát, miközben Duff hét gólt ért el a pontvadászatban.
Kulcsszerepe volt abban is, hogy az írek kijutottak a vébére, a World Cupon pedig kiváló teljesítményt nyújtott, a spanyolok ellen például őt választották meg a meccs legjobbjának. A vébét követően a Liverpool és a Manchester United is vitte volna, de ő ehelyett meghosszabbította szerződését a Blakcburnnel.