Az FA főtitkára Crozier előtt Graham Kelly volt, akinek a tevékenysége azonban a kilencvenes évek végén már egyre több kívánnivalót hagyott maga után. Ő végül botrányos körülmények között távozott a szervezet éléről még 1998 végén, amikor nyilvánosságra került, hogy az angolok hárommillió fontos "kölcsönt" adtak a walesi szövetségnek annak érdekében, hogy az támogassa Anglia pályázatát a 2006-os világbajnokság megrendezésére, majd pedig az is kiderült, hogy az FA fizeti a thaiföldi szövetség helyett a thai válogatott brit szövetségi kapitányának, Peter Withe-nak a gázsiját - természetesen a vébépályázat támogatása fejében. Ezzel nem is lett volna probléma, de az FA gazdasági osztálya semmit sem tudott a tranzakcióról, mint kiderült, Kellyn kívül csak az elnöknek, Keith Wisemannek volt tudomása róla. Ezt követően az FA végrehajtó bizottsága bizalmatlansági indítványt nyújtott be mindkettőjük ellen, amely után távozniuk kellett a szövetség éléről.
Az új elnök a korábbi alelnök, Geoff Thompson lett, ami nem arra utalt, hogy hamarosan új szelek fognak fújni a szövetségen belül, a főtitkára posztra azonban (igaz, csak jóval később, 2000 februárjában) azt az Adam Croziert nevezték ki, akinek korábban ugyan semmilyen tapasztalata nem volt a futballban azon kívül, hogy nagyon szerette a sportágat, az üzleti életben viszont elismertnek számított a Saatchi and Saatchi nevű kereskedelmi cég vezetőjeként. Crozier ezt a céget hagyta ott az FA kedvéért, és feladata nem tűnt egyszerűnek: egy több mint száz éve kialakult, meglehetősen elavult vezetési struktúrát kellett megújítania.
Noha nagyon sokan ellenezték kinevezését (elsősorban az angol labdarúgás vezetőségében régóta helyet foglaló emberek, mint például a Chelsea elnöke, Ken Bates), Croziernek sikerült megújítania és a modern idők követelményeinek megfelelővé tennie a szövetséget. Az FA-ben korábban egy 91 tagú testület hozta meg a fontos döntéseket, Crozier ezt a tanácsot 12 tagúra csökkentette, a résztvevők átlagéletkora pedig ennek köszönhetően 55-ről 33 évre csökkent. A cél ezzel az volt, hogy felgyorsítsa a döntési mechanizmust (láthattuk, korábban másfél évbe tellett, amíg betöltötték a megüresedett főtitkári állást), és hogy a döntéseket olyan emberek hozzák, akik tisztában vannak a mai labdarúgás működésével.
A reformok egyik jeleként még az FA-t is átköltöztette korábbi székhelyéről, a Lancaster Gate-ről egy új, modern irodaházba a Soho Square-re. Crozier sohasem tagadta, hogy véleménye szerint még egy 12 tagú elnökség is túl nagy ahhoz, hogy döntéseket hozzon, és többször is személyesen mondta ki a döntő szót. A legjobb példa erre Kevin Keegan szövetségi kapitány lemondása volt 2000 októberében: noha a közvélemény és a sportág angliai vezetősége is erősen ellenezte, hogy egy külföldi szakvezető kerüljön a nemzeti csapat kispadjára, Crozier végigvitte akaratát, amelynek végeredményeképpen a svéd Sven-Göran Eriksson lett a szövetségi kapitány: az angol labdarúgás történetében először egy külföldi tréner került a válogatott élére. Ez a döntés bejött, a háromoroszlánosok kijutottak a vébére, az FA pedig egyre jobban kezdett hasonlítani egy üzleti alapon működő, ráadásul profitáló szervezetre.
Ez utóbbi tény azonban egyre inkább szúrta a klubok szemét, akik úgy érezték, hogy a szövetség (jobban mondva Crozier) nem kéri ki a véleményület minden fontos ügyben, és a fejük fölött dönt. Amikor pár héttel ezelőtt az FA exkluzív szerződést kötött néhány válogatott futballistával azok reklámszerződései ügyében, akkor betelt a pohár, és a klubok felemelték a szavukat. A klubok a fent említett 12 tagú elnökségben helyet foglaló képviselői azt szerették volna elérni, hogy felállítsanak egy bizottságot a Premier League elnökei részvételével, ami jelentősen csökkentette volna az FA döntési körét. Crozier ebbe nem ment bele, és mivel a klubok sem hajlottak a kompromisszumra, ezért a főtitkár jobbnak látta, ha lemond posztjáról.
Pár hónapig, amíg meg nem találják az utódját, addig ő marad a szövetség élén, de utána végérvényesen elköszön. Sokan attól féltek, hogy Crozier távozásával Sven-Göran Eriksson is elhagyhatja posztját, de a szövetségi kapitánynak esze ágában sincsen lemondani, még ha el is veszítette legnagyobb pártfogóját a szövetségen belül. Crozier utódja egyébként a Premier League főtitkára, Richard Scudamore lehet, ami teljessé tenné a klubok diadalát az FA felett.