A klub menedzsere, Rudi Assauer a legutóbbi pontvadászat második felében mással sem foglalkozott, mint azzal, hogy az elkövetkező idényre ütőképes együttest állítson össze: még javában tartott a pontvadászat, amikor szinte valamennyi kiszemelttel sikerült megegyeznie, és miután eldőlt, hogy a szezon közben a csapat élére kinevezett Marc Wilmots nem vállalja a folytatást, Assuaer több trénerrel is tárgyalt.
Végül az a Jupp Heynckes lett a befutó, aki 1995 óta nem dolgozott a német élvonalban, hanem Spanyolországban, illetve Portugáliában tevékenykedett. A menedzser úgy vélte, hogy Heynckes személyében megtalálta az ideális megoldást, és a szakvezető is nagyon bizakodó volt az idény előtt: kijelentette, hogy célja a minél látványosabb támadófutball prezentálása, és emellett szeretne minél több saját nevelésű fiatalt beépíteni a csapatba.
Az új szakvezetőnek túl sok ideje mindenesetre nem volt a csapatépítésre, mert a Schalke 04 jobb híján benevezett az UEFA-Intertotó-kupába, és ennek köszönhetően már július közepén pályára kellett lépnie. Tovább nehezítette Heynckes dolgát, hogy több olyan focistája is kidőlt a sorból, akik alaphelyzetben biztos tagjai lettek volna a kezdő tizenegynek: a bal oldali középpályás Jörg Böhme térdszalagszakadást szenvedett, és féléves pihenőre kényszerült, a holland védőnek, Nils Oude Kamphuisnak a bokája rakoncátlankodott, honfitársa, Marco van Hoogdalem is a maródiak listájára került, akárcsak az uruguayi Gustavo Varela, a belga támadó, Émile Mpenza pedig részleges combizomszakadást szenvedett. Ennek ellenére a Schalke az Intertotó-kupában nem szerepelt rosszul, a moldáv Dacia Chisinaun, illetve a cseh Slovan Liberecen túllépve bejutott a sorozat döntőjébe, ahol az osztrák SV Pasching volt az ellenfele.
Időközben megkezdődött a Bundesliga is, ahol eleinte még minden rendben lévőnek tűnt, hiszen három forduló után a csapat veretlennek mondhatta magát, és ott volt az élmezőnyben, azonban a mutatott teljesítmény alapján érezni lehetett, hogy hamarosan gondok adódhatnak a csapatnál. Mindez hamarosan az eredményekben is megmutatkozott: az SV Pasching elleni visszavágón hazai pályán egy olyan gól nélküli döntetlent ért el a gárda, amely után az Arena AufSchalke közönsége kifütyülte saját csapatát, a vendégeket pedig megtapsolta, majd a bajnokságban a Werder Bremen 4-1-re legyőzte a gelsenkirchenieket.
Ezt követően pedig csak szenvedett a gárda: a következő négy mérkőzésen nyeretlen maradt, és visszaesett a 12. pozícióba, de az UEFA-kupában a horvát Kamen Ingrad elleni gól nélküli döntetlenre sem lehetnek büszkék a játékosok.
Kétségtelen, hogy az együttest elképesztő sérüléshullám sújtja, hiszen a fent felsorolt futballisták közül eddig egyik sem lépett pályára ebben a szezonban (Mpenza a Schalke színeiben már nem is fog, hiszen őt eladták egykori klubjának, a Standard Liége-nek), márpedig nélküle Heynckesnek sokkal kevesebb variációs lehetősége van. Ehhez képest viszont kissé meglepő, hogy a tréner a bajnokságban hét forduló alatt már 22 labdarúgót vetett be, vagyis látható, hogy egyelőre keresi az ideális kezdő tizenegyet.
Különösen csatárposzton vannak problémái a mesternek, a támadók közül eddig csupán Victor Agali volt eredményes. A dán Ebbe Sand sehogy sem találja régi formáját, ráadásul a legutóbbi bajnokit ő is sérülés miatt hagyta ki, Gerald Asamoah még nem kapott sok bizonyítási lehetőséget, a fiatal Mike Hanke pedig egyelőre még csak szokja a Bundesliga légkörét. Nem csoda, hogy a klub Mpenza eladása után (akitől azért váltak meg, mert a Schalkénál úgy vélik: ha valaki távozni akar, akkor azt nem érdemes tartóztatni) csatárt akart igazolni, de jellemző a gelsenkircheniek lehetőségeire, hogy sem Fernando Morientest, sem Mikael Forssellt nem sikerült megszerezniük, be kellett érniük az osztrák Edi Gliederrel, aki, valljuk be, azért nem ugyanaz a kaliber.
A kezdő tizenegy állandó jellegű (igaz, sokszor kényszerű) változtatásai miatt igazi csapatjáték nem nagyon alakult még ki, hiányoznak az automatizmusok, az összeszokottság. Jellemző adat, hogy a Bundesliga mezőnyéből a Schalke lőtt a legtöbbször kapura a tizenhatoson kívülről: ez is mutatja, hogy a játékosok még nem érzik egymást. Az elvárások ugyanakkor nagyok a csapattal szemben, és ez további görcsösséget okoz a futballistákban. Könnyen lehet azonban, hogy a vezetőségnek és a drukkereknek is újra kell értékelniük a szezon előtt kitűzött célokat, ez ugyanis már nem az a Schalke, amelyben Andreas Möller, Mpenza, Jirí Nemec vagy Marc Wilmots futballozott.