A klubot 1885-ben alapították a JT Morton nevű lekvárgyár skót származású munkásai, és az újonnan létrejött egyesületnek a Millwall Rovers nevet adták. A csapat első mérkőzését 1885. október 3-án vívta a Fillebrook ellen, és 5-0-s vereséget szenvedett, de mindez nem szegte az alapítók kedvét, akik egy évvel később az East End Football Association nevű szövetség tagjai lettek.
Az egyesület később az egyik alapítója volt a Southern League nevű szerveződésnek, amelyet kétszer meg is nyert, és hazai mérkőzéseit akkoriban a North Ferry Roadon játszotta. A csapat tagjait Dokkmunkások becenévvel illették, mivel a klub pályája a Kutyák szigetén volt, ahol a "stadionon" kívül csak hajógyárak működtek. Az egyesület 1910-ben költözött a mára már legendássá vált arénába, a The Denbe, amely a későbbiekben az angol futball egyik legfélelmetesebb stadionjává vált az ott uralkodó fantasztikus hangulat miatt.
Az egyesület az egységes liga létrejöttekor 1920-ban a harmadosztályba kapott besorolást, és a második világháborúig az együttes a második és a harmadik divízió között ingázott. A Milwall elsősorban kupaszereplései miatt lett ismert, három alkalommal is eljutott az FA-kupa elődöntőjébe, 1937-ben például harmadosztályú együttesként, ami korábban egyetlen klubnak sem sikerült.
1945 után aztán tartósan a harmadik vonalban szerepelt, sőt, a hatvanas években még a negyedik ligában is megfordult. A korszak leghíresebb Millwall-játékosa a kapus Alex Stepney volt, aki később a Manchester Uniteddel BEK-et is nyert. A hatvanas évek végére aztán ismét javult az egyesület helyzete, köszönhetően két legendás trénernek, Ron Graynek és Benny Fentonnak, akiknek vezérletével a klub visszaverekedte magát a másodosztályba, sőt, 1971-ben kis híján az élvonalba jutást is kiharcolta.
Ezt természetesen megint visszaesés követte, és a klub ismét a második és a harmadik vonal között ingázott, miközben dolgozott a csapatnál a később az Arsenal FC-nél nagy sikereket elért George Graham is. 1985-ben kis híján csődbe ment az egyesület, de végül megmenekült a megszűnéstől, sőt, 1988-ban sikerült végrehajtania azt, ami addig sohasem jött össze: feljutott a legjobbak közé.
Az élvonalban persze mindenki biztos kiesőnek könyvelte el a csapatot, azonban októberben a Millwall FC az első helyen állt! Ez persze nem csoda, ha figyelembe vesszük, hogy a gárda csatárkettősét Tony Cascarino és Teddy Sheringham alkotta. A klub meg is őrizte élvonalbeli tagságát, de egy évvel később kiesett az első osztályból, és azóta ismét megfordult a harmadik vonalban, ahonnan 2001-ben jutott vissza a másodosztályba.
Az előző szezont még Mark McGhee irányítása alatt kezdte a csapat, de a gyengébb eredmények hatására menesztették, utódja pedig a klub focistája, Dennis Wise lett, akinek munkáját egy másik volt kiváló labdarúgó, Ray Wilkins segíti. Míg a bajnokságban nem sikerült túl sokat javítani a csapat helyzetén (a Millwall végül tizedik lett a Division One-ban), addig az FA-kupában egészen a döntőig menetelt a társaság (igaz, a sorsolással hatalmas szerencséje volt, hiszen egyetlen Premier League-es gárda sem került az útjába), és ott ugyan vereséget szenvedett a Manchester Unitedtől, a Vörös Ördögök BL-szereplése miatt elindulhatott az UEFA-kupában.
A tavalyi együttesből tulajdonképpen csak egyetlen focista távozott, az ausztrál középpályás, Mark Cahill eladása viszont érzékeny veszteség volt, hiszen személyében a csapat házi gólkirályát tisztelték a szurkolók. Az erősítés viszont a lehetőségekhez képest nem sikerült rosszul, hiszen több, Premier League-es tapasztalattal bíró labdarúgó is érkezett.
Wise egykori Chelsea-s klubtársa, Jody Morris kétéves szerződést írt alá, a klub kölcsönbe megkapta az Aston Villa fiatal csatárát, Stefan Moore-t, valamint az Arsenal FC harmadik számú kapusát, Graham Stackot, és az átigazolási időszak utolsó perceiben megszerezte azt a Barry Haylest, aki az előző szezont ugyan a Sheffield Unitedben töltötte, de előtte a Fulham FC-vel már kipróbálhatta magát a legjobbak között.
A fenti focisták mellett még érkezett két viszonylag ismeretlen kanadai labdarúgó, a középpályás Josh Simpson és a védő Adrian Serioux, akik a gárda nyári észak-amerikai túráján nyerték el Wise tetszését - hogy nem akárkikről van szó, azt az is bizonyítja, hogy mindketten tagjai a juharlevelesek válogatott keretének.
A bajnokság nem a legjobban kezdődött a Millwall számára, hiszen az első két fordulóban mindössze egyetlen pontot szedett össze a csapat, ráadásul gólt sem szerzett, de az ezt követő három találkozón egyaránt begyűjtötte a három pontot, és e három összecsapáson gólt sem kapott. A találatok közül hármat is az együttes legveszélyesebb csatára, Daniele Dichio szerzett, aki egykoron még a Sampdoriában is megfordult, és jó néhány élvonalbeli találkozó áll a neve mellett.
Ezzel együtt a csapat fő erőssége a védelem, amelyben Darren Ward, Matthew Lawrence és Serioux szerepel - utóbbi futballistára nagy bedobásaira miatt is érdemes odafigyelni. Az első öt bajnokit Morris és egy harmadik kanadai focista, David Livermore is végigjátszotta, de Simpson és a fiatal Marvin Elliott is mindannyiszor kezdő volt.