Az Intertotó-kupát még 1961-ben hozták létre annak érdekében, hogy a totó néven népszerűvé vált sportfogadó játékot a nyáron is folytatni lehessen. Az első években még volt győztese a sorozatnak, hiszen a csoportmérkőzések során egyenes kieséses rendszerben egészen a fináléig zajlottak a küzdelmek, de 1967-től kezdve a csoportmeccsek után befejeződött a torna - aminek köszönhetően kezdett egyre komolytalanabbá válni.
Az UEFA 1995-ben karolta fel a sorozatot, innentől kezdve az európai szövetség neve is szerepel a torna elnevezésében, és eleinte kettő, később pedig három gárda kvalifikálta magát az UEFA-kupára, vagyis az Intertotó-kupának több nyertese is volt.
1998-tól kezdve a csoportok megszűntek, és végig egyenes kieséses rendszerben küzdöttek a gárdák - az egyes országok az UEFA-ranglistán elfoglalt helyezésük alapján egy, két vagy három csapatot nevezhettek, és az erősebb gárdák csak később kapcsolódtak be a sorozatba.
Ennek köszönhetően aztán általában a topligás együttesek jutottak el az UEFA-kupába, ahol rögtön a főtáblára kerülhettek, legutóbb például a Hamburger SV, az RC Lens és az Olympique Marseille járt így. Tavaly szeptemberben azonban az európai szövetség végrehajtó bizottsága a kiírás megváltoztatása mellett döntött, így 2006-től már más rendszerben zajlanak a küzdelmek az Intertotó-kupában.
A legfontosabb módosítás talán az, hogy minden ország csak egy csapatot nevezhet a tornára, ami azt jelenti, hogy összesen 50 klub vesz részt a sorozatban - San Marino és Liechtenstein ugyanis kimaradt az Intertotó-kupából. A korábbi öt forduló helyett immár csak három körből áll a torna, amelynek a végén 11 együttes marad versenyben - és ez a 11 gárda csatlakozik az UEFA-kupa mezőnyéhez, mégpedig a második selejtezőkörben. Vagyis ugyanott, ahol a legutóbbi szezonban a magyar kupagyőztes is kezdte az UEFA-kupát, és egy fordulóval később, mint a magyar ezüstérmes.
A kiemelés természetesen megmaradt, és ez alapján a magyar résztvevőnek eredetileg már az Intertotó-kupa első fordulójában pályára kellett volna lépnie, azonban a jövő hétfőn, április 10-én tartandó sorsolás előtt kiderült, hogy a portugálok nem neveztek a tornára, az ő helyük üressé vált, és ez éppen a magyaroknak jött jól - hazánk képviselője így tehát a második körben kezdi a tornát.
Ez azt jelenti, hogy a magyar indulónak két párviadalon kell túljutnia ahhoz, hogy az UEFA-kupában találja magát, ugyanabban a fázisban, ahol majd a kupagyőztes is szerepel. Magyarország mellett egyébként még Belgium járt jól, hiszen a belga együttes a második helyett a harmadik fordulóban kezd majd, és csak egy párviadalt kell megnyernie az UEFA-kupába jutáshoz.
Hétfőn az is kiderül, hogy az egyes országok csapatai mely nemzetek képviselőivel játszanak, de a csapatok kiléte természetesen csak az idény végeztével lesz végleges. Az UEFA-Intertotó-kupa első fordulójára június 17-18-án és 24-25-én, a másodikra (amelyben a magyar gárda is kezd) július 1-2-án és 8-9-én, a harmadikra pedig július 15-16-án és 22-én kerül sor.