A megadott határidőig összesen nyolc csapat jelezte nevezési szándékát, az indulás előfeltétele, hogy az adott együttesnek a Borsodi Liga 3-6. helyén kell végeznie. A kontinentális szövetség (UEFA) minimum egy, de amennyiben az MLSZ élni kíván a lehetőséggel, akkor esetleg két magyar gárda számára biztosítja az Intertotó-kupa-részvételt. A jelentkező klubok: FC Fehérvár, Diósgyőri VTK, DVSC-TEVA, ZTE, Újpest FC, Győri ETO FC, Vasas, Budapest Honvéd.
Az 50 indulóval rajtoló sorozatban három oda-visszavágós forduló után dől el, melyik tizenegy gárda folytathatja szereplését az UEFA-kupa selejtezőjében. A sorsolást április 23-án rendezik, az első forduló párharcaira június 23-án és 24-én, illetve 30-án és július 1-én kerül sor.