A 27 éves Marcel Heister Németországban született, ám horvát felmenőkkel is rendelkezik. Pályafutását ifistaként a TSV Gammertingenben, az SSV Reutlingenben, majd a Hoffenheim U19-es csapatában kezdte, felnőttként először a Hoffenheim második csapatában kapott lehetőséget.
2012-ben a horvát Zadarhoz szerződött, ott két szezon alatt 31 mérkőzésen két gólt is szerzett. Két évvel később Horvátországon belül váltott, az Istrához került, ahol több játéklehetőséget kapva 64 mérkőzésen három gólig jutott. Négy éve az izraeli Beitar Jerusalem labdarúgója lett, a csapatnál alapemberként számítottak rá - a Beitart a Fradi hívó szavára hagyta el.
Marcel Heister a Ferencvárosban eddig 57 mérkőzésen lépett pályára, egy gólt szerzett.