Ugyan az átigazolási időszak már lejárt, de a spanyol szabályok még egy hónapig lehetővé teszik a játékosvásárlást abban az esetben, ha egy klub úgy veszít el egy labdarúgót, hogy a kivásárlási árat érvényesíti egy egyesület. Így járt az Atlético is, ugyanis Thomas Partey esetében az Arsenal kifizette a kivásárlási záradékban szereplő 50 millió eurót.
Kondogbia a Lens csapatában kezdte pályafutását, majd a Sevillához igazolt, ahol a 2013-as Király Kupa kiírásában volt egy emlékezetes összetűzése legújabb csapattársával, Diego Costával, ami után kiállították őt. Később az AS Monacóban és az Internazionaléban is futballozott, 2017 óta erősítette a Valenciát.