Sánchez Flores 2004 nyarán először lett vezetőedző a Getafénál, amelytől egy év után a Valenciához távozott, majd dolgozott az Atlético Madridnál, illetve az Egyesült Arab Emírségekben is, mielőtt 2015 januárjában rövid időre visszatért a Getaféhoz. Azt követően volt a kínai Sanghaj Senhua, az Espanyol, illetve két alkalommal a Watford szakvezetője, közel két éve azonban nem volt csapata.
Elődje, a hétfőn menesztett José Miguel González - sportági nevén Míchel - vezetésével rendkívül gyengén szerepelt a gárda: nyolc mérkőzésen szerzett három góljával mindössze egy pontot gyűjtött.
Sánchez Flores jövő szombaton irányíthatja először régi-új csapatát, a Getafe a 9. fordulóban a szintén nyeretlen Levante vendége lesz.