A hondurasi válogatott számára a világbajnoki szereplés nagyon sokáig csak álom volt, ám az 1970-es torna előtt közel kerültek a kijutáshoz. A selejtező második fordulójában Salvador volt az ellenfelük, és a két ország közötti feszült politikai viszony nem tett jót a párharcnak. Mindkét együttes nyert hazai pályán, így harmadik találkozóra volt szükség, amelyen Mexikóban a salvadoriak győztek - ám a találkozó egyben casus belliként is szolgált, és kitört az azóta is csak futballháborúnak nevezett fegyveres konfliktus, amely öt napig tartott.
A hondurasiaknak még 12 évet kellett várniuk az első vb-szereplésre. 1982-ben első mérkőzését a házigazda ellen játszotta, és mindenki biztos volt a spanyolok fölényes győzelmében. A közép-amerikaiak azonban hamar elcsendesítették a hazai közönséget, hiszen a nyolcadik percben Héctor Ramón Zelaya góljával hatalmas meglepetésre megszerezték a vezetést. A hondurasiak ezt követően egészen a 65. percig tartották előnyüket, és egy erősen vitatható tizenegyes kellett ahhoz, hogy a spanyolok végül egyenlítsenek.
Az 1-1-et követően Észak-Írországgal is hasonló eredmény ért el, vagyis az utolsó, Jugoszlávia elleni találkozón még volt esélye a továbbjutásra. A hondurasiak ennek megfelelően is kezdték az összecsapást, és sokkal jobban játszottak ellenfelüknél, azonban a helyzetkihasználásuk csapnivaló volt. Porfirio Betancourt kétszer is egy az egyben vihette rá a labdát a jugoszláv kapusra, de képtelen volt betalálni, a hajrában pedig a jugók tizenegyesből megszerezték a győzelmet.
A válogatott 2010-ben szerepelt másodszor a vébén, de hihetetlen defenzív taktikájának köszönhetően gólt sem szerzett: Chile 1-0-ra, Spanyolország 2-0-ra verte, Svájccal pedig 0-0-s döntetlenre végzett.