A japánoknak 1998-ig kellett várniuk, hogy kedvenceiket világbajnokságon láthassák, és bár a franciaországi tornán Argentínától, Horvátországtól és Jamaicától is egygólos vereséget szenvedett a válogatott, jó benyomást keltett.
Ilyen előzmények után jött a hazai (társ)rendezésű, 2002-es vébé, amelyen Belgiummal, Oroszországgal és Tunéziával kerültek egy csoportba, a továbbjutás tehát nem tűnt könnyű feladatnak. Philippe Troussier csapata azonban veretlenül végzett a csoport élén: a belgákkal elért 2-2-es döntetlen után az oroszokat 1-0-ra, a tunéziaiakat pedig 2-0-ra verte. Az egyenes kieséses szakaszban a törökök legyőzhetőnek tűntek, azonban az európaiak 1-0-val széttörték a japán reményeket.
Négy évvel később pedig a csoportból sem sikerült továbbjutni, igaz, a japánok nem kerültek könnyű négyesbe, hiszen Brazília, Horvátország és Ausztrália volt az ellenfelük - nyeretlenül zártak.
2010-ben újabb továbbjutás következett, a hollandoktól elszenvedett 1-0-s vereség mellett Kamerunt (1-0) és Dániát (3-1) is sikerült legyőzni, a nyolcaddöntőben pedig drámai, 0-0-s mérkőzésen, tizenegyesekkel maradt alul Paraguayjal szemben.