A Windows 2000 Service Pack 3 az operációs rendszerben felfedezett számos biztonsági rést és egyéb hiányosságot orvosol. Az angol nyelvű Windows 2000-hez már július 31-én elérhető volt a legújabb javítócsomag, míg a magyar verziókhoz szánt változatra szeptember elejéig kellett várni. Az SP3 tartalmazza a két előző javítócsomagban, illetve a Security Rollup Package 1-ben található frissítéseket, továbbá egy Automatic Update funkciót is magában foglal, amely magától telepíti a rendszerhez elérhető legfrissebb biztonsági javításokat.
A Service Pack 3 további újdonsága, hogy az Egyesült Államok Igazságügyi Minisztériuma és 9 tagállama, valamint a Microsoft között 2001. novemberében létrejött megállapodásnak megfelelően lehetővé teszi a felhasználók számára különböző Windows-komponensek - például az Internet Explorer, az Outlook Express, vagy a Windows Media Player - eltávolítását is.