A fejlesztők megpróbáltak tanulni az előző rész utáni visszajelzésekből, és a harmadik részt ezek alapján megalkotni. Egy ilyen visszajelzés volt az, hogy a legtöbb játékos csak néhány karaktert használt fel a C1, illetve a C2 küldetéseinek teljesítése során. Ennek megfelelően a harmadik részben már nem kapott helyet Natasha Nicholevski, valamint Whiskey, a blöki sem. Emellett a küldetések során már csak három embert vihetünk magunkkal, igaz, hogy ők már valamennyien tudnak vezetni, és használhatnak minden fegyvert.
Ami némileg ellentmond a fentinek az, hogy a Commandos 3 még nehezebbnek ígérkezik, mint a korábbi részek. Erre biztosan felkapták még a Commandos fanatikusok is a fejüket, mivel még nekik is meggyűlt a bajuk a nehézséggel. Hogy ne forduljon elő az, ami a korábbi részek esetében nem volt ritka, nevezetesen, hogy néhány játékos már az első, hatvanadszorra is elrontott misszió után felállt a játék elől, a fejlesztők egy igen részletest tutorialt mellékeltek. Ez nem csak azt mutatja be, hogy miként kell kezelnünk a játékot, hanem azt is, hogy az egyes csapattagok speciális képzettségei miként lesznek a segítségünkre az adott feladatok teljesítésekor.
Az embereinknek ezentúl a viselkedését is beállíthatjuk, mint a modernebb stratégiai játékokban. Hogyha például egy figurának azt mondjuk, hogy legyen agresszív, majd elbújtatjuk a magas fűben, valóságos mérges kígyót teszünk az ellenség ágyába. Defenzív módot választva viszont meggátolhatjuk, hogy forrófejű katonánk magára vonja az ellenség figyelmét.
A harmadik részben három nagy küldetéssel találkozunk, melyek Normandiába, Sztálingrádba, majd Berlinbe kalauzolja a játékost. Ezek a küldetések valójában terjedelmes kampányok, melyek azonban nincsenek feldarabolva kisebb missziókra. Ehelyett egy adott cél teljesítése után egy játékon belüli animáció megtekintése után már kapjuk is a következő feladatot.
E feladatok között nem egy olyannal találkozhatunk, mely ismerős lehet azoknak a játékosoknak, aki a monitor elől elszabadulva háborús filmeket is szoktak nézni. A hatvanas évek nagysikerű francia filmje volt például a Vonat, melyben a játék egy missziójához hasonlatosan egy vonaton kellett rajtaütni, melyen a nácik francia műkincseket akarnak kivinni az országból.