A nukleáris biztonságra mindeddig kínosan ügyelő Japánt nagyon kellemetlenül érintette az ügy, s ezért rendkívül alapos, másfél évtizedig tartó vizsgálatot folytattak, ugyanis a bécsi székhelyű Nemzetközi Atomenergetikai Ügynökség (International Atomic Energy Agency, NAÜ) - az ENSZ szakosított szerve - még 1987-ben jelezte, hogy a tokai feldolgozó üzem jelentései és a valóban itt tárolt plutónium mennyisége között eltérések vannak, 206 kilogramm sugárzó anyagnak nincs nyoma. A tokai üzemben egyébként 1977 óta összesen 6890 kilogramm plutóniumot nyertek ki az elhasznált nukleáris fűtőelemekből.
A jelentés kedden juttatta el Japán Bécsbe, és Tokióban arról számoltak be, hogy minden jel szerint számítási hibákról és "természetes veszteségről" lehet szó, vagyis ez a hiányzó plutónium sohasem került a raktárakba. Tokió egyértelműen kizárja, hogy a veszélyes anyag valami úton-módon kikerülhetett az üzemből, akár nukleáris szennyezés formájába, szivárgásokkal.
A japánok és a NAÜ riadalma eléggé érthető, hiszen egy nukleáris robbanótöltet elkészítéséhez 5-8 kilogramm plutóniumra van szükség, így az elméletileg legalább több mint kéttucatnyi atombomba elkészítéséhez elegendő mennyiség eltűnését nem lehet csak úgy "leírni". A japán szakemberek most azt állítják, hogy a számítások szerint hiányzó tételből 101 kilogrammnyi a folyékony halmazállapotú nukleáris hulladékhoz keveredett a feldolgozás során, vagy pedig - mivel az izotópok egy része rendkívül instabil - más elemekké alakult át. A fennmaradó 105 kilogramm pedig a hibás számítások számlájára írandó a japánok jelentése szerint.
Japán elektromosáram-igényeinek csaknem harmadát fedezik nukleáris erőművek, 2011-ig további tíz új erőmű építését tervezik, 42 százalékra emelve a nukleáris energia részesedését az ország energiafogyasztásában.