Az élőlényeket sokáig öt országba (prokarióta - sejtmag nélküli - egysejtűek, eukarióta - sejtmagvas - egysejtűek, gombák, növények és állatok) sorolták. Az öt ország elméletét az elmúlt években az új genetikai-genomikai fölfedezések hatására egyre inkább felváltja az úgynevezett háromdoménes rendszer. Ezt Carl Woese és munkatársai dolgozták ki és publikálták 1977-ben. E rendszer három doménjét, vagyis az élővilág filogenetikus osztályozásának legmagasabb egységeit az archaeák (Archaea), a baktériumok (Bacteria) és az eukarióták (Eucarya vagy Eukaryota) alkotják, és ez utóbbi csoportba tartoznak a növények, állatok és a gombák.
Woese 1928. július 15-én született az Egyesült Államokban. Matematikát és fizikát tanult, majd biofizikából szerzett doktori fokozatot a Yale Egyetemen. A Rochesteri Egyetemen orvosi tanulmányokat folytatott. 1964-ben lett az Illinoisi Egyetem mikrobiológiai tanszékének munkatársa, ahol haláláig dolgozott.
Saját elmondása szerint molekuláris biológus volt, aki az evolúcióbiológia felé fordult. Evolúciós érdeklődése központjában a baktériumok és az archaeák álltak, amelyek evolúciója lefedi bolygónk 4,5 milliárd éves történetének legnagyobb részét. A riboszomális RNS elemzésével Woese laboratóriuma rekonstruálta mindkét csoport filogenetikai történetét, ily módon filogenetikailag érvényes rendszert tudtak kidolgozni a prokariótákra. Valójában az archaeák felfedezése is ezeknek a tanulmányoknak a következménye volt.
Woese háromdoménes rendszere a prokarióták kettéválasztásával jött létre (az eukariótákon belül a protistákat ma már csak gyűjtőnévként használják)
Az archaeák és a baktériumok csoportja a korábbi prokarióták kettéválasztásával jött létre. Az archaeák ("ősbaktériumok") felépítése hasonló a baktériumokéhoz, de elkülönítésüket sok jellemzőjük indokolja. Ezek közé tartozik például, hogy genetikai anyaguk átírása (transzkripció) és "lefordítása" (transzláció) sok szempontból az eukarióta szervezetekben megfigyeltekhez hasonló, valamint az archaeák lipidjeinek szerkezete eltér mind a baktériumokban, mind az eukariótákban található lipidekétől. Az archaeákra korábban szinte kizárólag extrém - például szélsőségesen forró, oxigénhiányos - környezetekben bukkantak rá (ezeket az élőlényeket nevezik extremofileknek). Az asztrobiológiai kutatások során ezekhez hasonló, "szívós" élőlényeket felfedezését várják más égitesteken, például a Marson vagy a Jupiter Europa nevű holdján. Újabban egyre több átlagos környezetben élő archaeát is felfedeznek.