Látványos változásokon mentek keresztül bizonyos kutyafajták a divat és a megváltozott tenyésztési célok miatt az elmúlt körülbelül száz évben. Míg a 20. század elején sok fajtánál a funkció, a munkaképesség döntő szerepet játszott, mára több munkanélkülivé vált fajtánál a küllem alapú tenyésztés került előtérbe. Ez pedig néha olyan anatómiai változásokkal járt, amelyek nem igazán előnyösek a fajtára nézve. W. E. Mason 1915-ben megjelent Dogs of All Nations című könyve képekkel illusztrálja a 20. század elejének gyakoribb fajtáit, és több esetben jól láthatóak a különbségek az akkori és a mai kutyák között.
A küllem alapú tenyésztés legtöbb hátránya talán az angol bulldogoknál figyelhető meg, melyeknél a keskeny csípő miatt ma már ritkaságszámba megy a természetes ellés, helyette csak állatorvosi segítséggel, császármetszéssel tudják világra hozni a kölykeiket. Nyomott orruk miatt gyakoriak náluk a légzési problémák, a foghibák, valamint a szemhéjak kifelé és befelé fordulása (ezek mind általában jellemzőek a rövidfejű fajtákra, például a mopszra, boxerre). 30-40 centiméteres marmagasságukhoz (ez a mellső lábak, vagyis a váll magassága) 23-25 kilós testtömeg párosul, és rövid, tömzsi testük miatt a mozgásszervi problémák is gyakoriak náluk. Ezek alapján nehéz elképzelni, hogy a mai bulldogok ősei eredetileg mészárosok bikafogó kutyái voltak, ahol azért nem ártott a fürgeség.
Hasonlóan szembetűnő az átalakulás a ma egyre népszerűbb bullterrier fajta esetében, ami egykoron egy atletikus kutya volt, ám ma a különleges, leginkább tojásra hasonlító fejéről és hengeres testéről híres. A basset houndot (Columbo kutyája) eredetileg vadászatra tenyésztették ki, ám egy mai kiállítási bassetet elnézve nehéz elképzelni, hogy a rövid lábaival és szinte földet súroló bőrével képes kitartóan kajtatni bármilyen vadat. A ráncairól híres kínai shar pei pedig régen közel sem volt ilyen ráncos, ma viszont akár ráncfelvarrásra is szorulhatnak, hogy ne szenvedjenek állandóan bőrgyulladástól.
Bizonyos fajtáknál, amelyeket még ma is rendszeresen alkalmaznak munkakutyaként, nagyon látványos elkülönülés alakult ki a kiállítási és munkavérvonal között. Erre az egyik legjobb példa a német juhászkutya, ahol hatalmas különbségek vannak a kiállításokon látható példányok (lásd lent), és a rendvédelmi szerveknél dolgozó kutyák között. De ugyanez elmondható például a labradorokról is, mely fajtánál a vadászatokon használt kutyák testfelépítése olyasmi, mint egy vizsláé, szemben a kiállítási vonal sokkal zömökebb, néha már hordótestű kutyáihoz képest.
Az igazán szerencsés helyzetben azok a kutyafajták vannak, amelyeket nem kaptak fel a reklámgyártók és filmkészítők. A hirtelen népszerűvé váló fajták (például dalmata, golden retriever) esetében ugyanis az anyagi haszonszerzés reményében sokan mindenféle tájékozódás nélkül állnak neki kutyát szaporítani, ami könnyen rossz idegrendszerű vagy örökletes betegségektől szenvedő utódokhoz vezethet. A dalmatáknál például az egzotikusnak tűnő kék szem tenyésztésből kizáró ok, gyakran ugyanis süketséggel párosul.
Sok fajtánál a törzskönyvezés feltétele, hogy a szülők rendelkezzenek a megfelelő egészségügyi szűrésekkel, így a törzskönyv, ha garanciát nem is ad arra, hogy a kutya teljesen egészséges lesz, mégis csökkenti a valószínűségét ezeknek a betegségeknek. Ezzel szemben az olcsó kutyát árusító szaporítók a legritkább esetben tudnak ilyen papírokat felmutatni (részben ezért tudják olyan olcsón adni a kölyköket).
Az egyik legelhíresültebb, genetikai alapokkal rendelkező betegség a csípőízületi diszplázia, ami jó esetben tünetmentes marad, kevésbé jó esetben műthető, legrosszabb esetben pedig a kutya végleges elaltatásával is járhat. A betegség örökletes jellegű, de a környezeti tényezők (a növekedési időszakban nem megfelelő táplálás, túlzott terhelés) is szerepet játszanak a kialakulásában. A diszplázia lényege, hogy a combcsont feje nem illeszkedik megfelelően a csípőízületbe, ami porckopáshoz és ízületi gyulladáshoz vezet. A betegség elsősorban a nagytestű fajtákat veszélyezteti, és mozgásszervi panaszokkal, valamint nagyfokú fájdalommal járhat. A diszpláziát röntgenvizsgálattal szűrik, és egy felelős tenyésztő csak egészséges csípőjű kutyákat von be a tenyésztésbe.
Olcsó húsnak híg a leve
Sokan úgy szeretnének fajtatiszta kutyát, hogy nincsen pénzük arra, hogy megfizessék egy törzskönyvezett kutya árát, ezért szaporítóktól vásárolnak. (Egy törzskönyvezett kölyökkutya ára a fajtától és a szülőktől függően 100 ezer forinttól akár félmillió forintig is terjedhet, miközben a szaporítók általában 20-30 ezer forintért árulnak egy kiskutyát.) Az olcsó kutyának azonban hatalmas a kockázata. Részben az egészségügyi szűrések hiánya miatt, részben pedig azért, mert előfordulhat, hogy a labradornak kinéző kiskutya valójában egy keverék. Keverék kutyákkal pedig tele vannak a menhelyek, ahonnan általában szerény hozzájárulás ellenében találhat magának kutyát az, akinek nincs pénze megfizetni a tenyésztőtől származó kölyköt. Ha pedig a 30 ezer forintért vásárolt kölyökkutyáról kiderül, hogy valamilyen öröklődő betegségben szenved, akkor könnyen lehet, hogy a vételáron megspórolt összeg sokszorosát kell majd kifizetni az állatorvosnak.