1473. február 19-én született a Teuton Lovagrendtől néhány évtizeddel korábban a Lengyel Királysághoz került Warmiában fekvő, túlnyomórészt német lakosságú Torunban (németül Thorn). Apja gazdag kereskedő volt, felmenői között lengyelek és németek is akadtak. Anyanyelve német volt, de latinul írt, nevét a kor szokásának megfelelően Nicolaus Copernicus formában használta, lengyelül Mikolaj Kopernik, németül Nikolaus Kopernikus és Niklas Koppernigk alakban ismert.
Miután tízévesen árvaságra jutott, püspök nagybátyja nevelte, akinek jóvoltából a krakkói egyetemre mehetett, majd egy évtizedig Itáliában görögöt, matematikát, orvostant, filozófiát, teológiát tanult, kánonjogi és orvostudományi doktori címet is szerzett.
A csillagászat iránti érdeklődését Regiomontanus művei keltették fel, s 1500-ban részt vett Rómában (a csak hetven évvel később megvalósuló) naptárreformmal foglalkozó tanácskozáson.
1497-ben a warmiai Fromborkban (Frauenburg) kanonokká választották, ami biztos jövedelmet jelentett számára, de pappá nem szentelték, és házasodni sem házasodott meg. 1501-ben tért haza, élete hátralevő részét Fromborkban és Olsztynban töltötte.
A tartományi érsekség gazdasági ügyeit felügyelte, a lengyel-porosz háború idején ő vezette Olsztyn védelmét. Részt vett I. Zsigmond lengyel király és a hűbéres Poroszország tárgyalásain, illetve a király pénzügyi reformjainak kidolgozásában. Ekkor vetette fel, hogy a rossz, a névlegesnél kisebb aranytartalmú pénz eltünteti a jó érméket, amelyet az emberek félretesznek, s fizetésre a rosszat használják. (A jelenséget vele egy időben ismerte fel a brit Thomas Gresham, róla nevezték el Gresham-törvénynek.) Élete nagy részét azonban csillagászati megfigyeléseivel töltötte, obszervatóriumát a fromborki székesegyház tornyában rendezte be.
Korában dogmaként rögzült a ptolemaioszi geocentrikus világkép,
mely szerint minden égitest a Föld körül kering. A rendszer azonban a valósághoz igazítás során egyre nehezebben volt védhető, a bolygók mozgását az elképesztően bonyolult matematikai számítások ellenére sem lehetett hosszú távon megbízhatóan megjósolni. Kopernikusz 1507 táján jutott arra a gondolatra, hogy az égitestek mozgása egyszerűbben is értelmezhető, a számítások is pontosabbak, ha abból indulnak ki, hogy a világegyetem közepe nem a Föld, hanem a Nap. A heliocentrikus elv nem volt új, már a Kr. e. 3. században ezt képviselte a görög Arisztarkhosz.
Kopernikusz azonban számításokba is kezdett, s ezekhez - mert csak kezdetleges műszerekkel rendelkezett - az elődei által gyűjtött adatokat is felhasználta. Rendszerében minden nehézséget az euklidészi geometria segítségével oldott meg, és olyan, addig rejtélyes és bosszantó jelenségeket is megmagyarázott, mint amilyen például a bolygók retrográd mozgása.
Kimondta, hogy a Föld a többi bolygóval együtt a Nap körül kering, miközben saját tengelye körül is forog, a bolygók pályáján túl mozdulatlan állócsillagok vannak.
Egyetlen hibájaként a bolygók tökéletes körpályájához ragaszkodott, amit később Kepler az ellipszis alakú pályák bevezetésével módosított.
Elméletét 1514-ben De hypothesibus motuum coelestium a se constitutis commentariolus (Kommentár az égitestek elrendezéséről és mozgásáról szóló elméletekhez) címmel foglalta össze, de a kéziratot csak barátainak küldte el. Egyrészt azért, mert a körpályamozgás alapján számított bolygópozíciói pontatlanok voltak, másrészt attól tartott, hogy nézeteit az egyház eretneknek minősítheti. Kézirata idővel Európa-szerte keringett, s a pápa 1536-ban nem emelt kifogást az ennek alapján Rómában tartott előadások ellen.
Kopernikusz főműve, a III. Pál pápának dedikált De revolutionibus orbium coelestium (Az égi pályák körforgásáról) kéziratát Georg Joachim Rheticus wittenbergi professzornak adta át, aki 1540-ben röviden ismertette gondolatait.
A kézirat gondozása azonban Rheticus helyett a lutheránus Andreas Osianderre maradt, aki - mivel Luther elítélte Kopernikusz elméletét - az általa írott, de aláírás nélküli előszóban a mozdulatlan napot csak a számításokat könnyítő feltevésnek nevezte, hozzátéve: "Ezek a hipotézisek nem tekintendők igaznak, még csak valószínűnek sem." Kopernikusz a legenda szerint csak halálos ágyán láthatta művét, nem sokkal később, 1543. május 24-én meghalt.
A De revolutionibus nagyon drága volt, az előszó rontott hitelességén, a megjelent ezer példány sem fogyott el. A mai gondolkodásunkat alapvetően meghatározó mű csak négy kiadást ért meg, a katolikus egyház 1616-ban indexre tette, a tiltást 1835-ben oldották fel.
A heliocentrikus világkép megfosztotta a Földet a világegyetem és a teremtés középpontjának szerepétől, alapjaiban támadta az arisztotelészi fizikát, felborította a középkori scala naturae (a dolgok hierarchikus elrendezettsége) tételét.
2005 nyarán a fromborki székesegyházban rábukkantak Kopernikusz koponyájára és csontjaira, a lelet valódiságát DNS-vizsgálat és a koponya alapján rekonstruált arcképek igazolták. (Egy Kopernikusz által használt könyvben talált néhány hajszál és a csontok DNS-profilja megegyezett, a csillagász önarcképén látható sérülések nyomait a koponyán is felfedezték.)
Földi maradványait 2010. május 22-én, halála után 467 évvel ünnepélyesen újratemették, nyughelyét a Naprendszert ábrázoló fekete gránitból készült síremlék jelzi. Kopernikuszról nevezték el többek között az 1996-ban felfedezett, 112-es rendszámú kopernícium elemet és az Európai Unió nagyszabású földmegfigyelő programját is.