Ruanda tízmilliós lakosságának 85 százalékát a hutuk tették ki, a tuszik pedig kisebbségben voltak – a két csoport folyton konfliktusban állt egymással.
1959-ben a véres összecsapások miatt 300 ezer tuszinak kellett a szomszédos Burundiba és Ugandába menekülnie, így arányuk a lakosságon belül tovább csökkent.
A hutu etnikumhoz tartozó Habyarimana 1973-ban katonai puccsal került hatalomra, és miután népszerűsége a gazdasági nehézségek miatt csökkent, minden bajért a tuszikat tette felelőssé. 1990 októberében az emigráns tuszik által alapított, Paul Kagame vezette Ruandai Hazafias Front Ugandából benyomult az országba, a polgárháborút 1993-ban az Afrikai Egységszervezet közvetítésével megszületett békeszerződés zárta le.
A hutu nacionalisták hevesen ellenezték a tárgyalásokat és a megállapodást, és már 1990-ben elkezdtek készülni a tuszi kisebbség teljes kiirtására.
A hadsereg bozótvágó késekkel fegyverezte fel a hutu fiatalokat, és „önvédelmi tanfolyamokat” szervezett nekik, listázni kezdték az „árulókat”, akik közé a tuszik mellett a mérsékelt és megegyezésre hajló hutuk is bekerültek, elindították a gyorsan népszerűvé vált RTLM rádiót,
ami a szórakoztató programok mellett gyűlöletpropagandát sugárzott, az előítéleteket kihasználva uszított a tuszik ellen.
A legújabb kori történelem egyik legnagyobb népirtása 1994. április 6-án este kezdődött, amikor a közép-afrikai államfők csúcstalálkozójáról hazatérő Habyarimana repülőgépét – amelyen ott volt Burundi szintén hutu elnöke is – a főváros repülőterén rakétával lelőtték. A merénylet körülményei máig tisztázatlanok, de egyre több jel utal arra, hogy a hutuk végeztek a békülésre hajló elnökkel, halálát pedig ürügyként használták a tuszik kiirtásához.
A merénylet következményei azonnaliak és végzetesek voltak. A keményvonalas hutu vezetők ideiglenes kormányt alakítottak, a miniszterelnök asszonyt, aki a rádión keresztül nyugalomra akarta inteni honfitársait, a védelmére kirendelt tíz belga ENSZ-békefenntartóval együtt lelőtték.
Néhány órán belül országszerte megkezdődött a tuszik és a mérsékelt hutuk legyilkolása.
A tömeggyilkosságok szervezetten zajlottak, a rádióban nemcsak az uszítást folytatták, hanem utasításokat is adtak a helyi milíciáknak és a feltüzelt hutu lakosságnak.
Az áldozatokkal machetével vagy lőfegyverrel végeztek, ha a templomokba vagy iskolákba menekültek, az épületeket rájuk robbantották, a nőket kivégzésük előtt megerőszakolták.
Az egyszerű falusiaknak szomszédjaik legyilkolásáért pénzt ígértek, vagy azt, hogy megkapják azok házait és földjeit.
Sokakat fegyverrel kényszerítettek arra, hogy részt vegyenek az öldöklésben. A városok környékén az utakat eltorlaszolták, hogy kiszűrjék és legyilkolják a menekülő tuszikat. Az erőszak majdnem három hónapig tombolt akadálytalanul, mert az ENSZ-békefenntartók a belga katonák meggyilkolása után kivonultak.
Az áldozatok számát mintegy 800 ezerre teszik, közülük félmillió volt tuszi, 300 ezer pedig mérsékelt hutu.
A népirtás csak júliusban ért véget, az ideiglenes kormány összeomlott, ezután kétmillió hutu menekült a szomszédos Kongóba. 1994 novemberében állították fel az ENSZ égisze alatt a ruandai népirtást vizsgáló nemzetközi törvényszéket, ami 2012-ben fejezte be munkáját. A törvényszék 96 ember ellen emelt vádat, 61 embert ítéltek el, politikusok, katonatisztek és a gyilkosságok elkövetői mellett a gyűlöletet terjesztő papokat, újságírókat is.
A józan ésszel megmagyarázhatatlan genocídium okait azóta is kutatják történészek és pszichológusok, könyveket és filmeket forgattak róla.