Amikor rátaláltak a magatehetetlenül sodródó hajóra, már nagyon rossz állapotban volt; a csöveket a rozsda marta, és az adóvevője is hibásan működött, hatótávolsága mindössze 3 kilométer volt. A roncs mindezek ellenére nem süllyedt el, ezért az esetet vizsgálók közül sokan nem értik, a legénység miért nem maradt a fedélzeten és várta meg a segítséget.
Az MV Joyita 1955. október 3-án, reggel 5 órakor hagyta el Szamoát, úti célja az attól 430 kilométerre található Tokelau-szigetek voltak. Az út nem indult zökkenőmentesen, a tengelykapcsoló hibája miatt a hajónak csak az egyik motorja működött, ezzel voltak kénytelenek nekivágni a több száz kilométeres távnak. A személyzet 16 főből állt, rajtuk kívül még kilencen utaztak a fedélzeten, köztük egy magas rangú tisztviselő, egy orvos, valamint két gyermek.
A rakomány nem tartalmazott semmi rendkívülit: élelmiszert, orvosi eszközöket, valamint 45 gallonnyi olajt szállítottak. A tervek szerint a hajó október 5-én érte volna el a szigeteket.
Az MV Joyita azonban nem jelent meg a kérdéses időpontban, eltűnését október 6-án jelentette a Fakaofo-sziget kikötője. Senki sem értette, mi történt, hiszen a hajó nem adott le vészjelzést.
A mentőexpedíció szinte azonnal megindult, az új-zélandi légierő 260 000 négyzetkilométernyi területet fésült át, ám a Joyitának nem lelték nyomát.
Öt héttel később, november 10-én Gerald Douglas, a Tuvalu kereskedőhajó kapitánya kiszúrta az MV Joyita magatehetetlenül hánykolódó roncsát, ami nagyjából 1000 kilométerre sodródott eredeti útvonalától. A jármű egy részét elöntötte a víz, fedélzetén egy lélek sem tartózkodott, emellett négytonnányi rakomány szintén hiányzott.
A hajóra lépő mentőcsapat azt tapasztalta, hogy a rádió 2182 kHz-es vészhívó-frekvencián működött, tehát a legénység valószínűleg megpróbált segítséget kérni, eredménytelenül. A hajón található összes óra kísérteties módon ugyanabban az időpontban, 10:25 perckor állt meg. A jármű tankjában még volt üzemanyag, ennek mennyisége alapján megállapították, hogy a motor 391 kilométer megtétele után állt le; ekkor a Joyita mindössze 80 kilométerre lehetett végcéljától.
Hamar nyilvánvalóvá vált, hogy valami szörnyűséges dolog történhetett a hajón.
Az orvosi táska mellett véres kötszerek és rongyok hevertek szanaszéjjel, a matracok a hajómotorra voltak hányva.
Habár a hajófeneket és az alsó szinteket elárasztotta a víz, a hajótest épségben volt.
A szakértők úgy vélik, a hajótest elfogadható állapota, valamint a Joyita kialakítása miatt többeknek tisztában kellett lennie azzal, hogy a jármű nem fog elsüllyedni, valamiért mégis pánikszerűen elhagyták a fedélzetet. Erről árulkodik az a tény is, hogy az összes mentőcsónak hiányzott.
Erről az elmúlt évtizedekben több elképzelés született. Az egyik szerint a hajó kapitányával, Thomas Millerrel történhetett valami, amitől a férfi eszméletlen lett vagy meghalt.
Mivel a legénység nem volt tisztában a hajó „elsüllyeszthetetlenségével", így villámgyorsan elhagyták a fedélzetet.
Ez az elmélet ugyanakkor nem magyarázza a hiányzó rakomány rejtélyét. Egy másik teória alapján a tetemes adósságokat felhalmozó Miller biztosítási csalás keretében direkt rongálta meg a hajót. Ez az elgondolás ott hibázik, hogy semmi nyom nem utalt arra, hogy a hajót szándékosan árasztották el vízzel, ráadásul – ismerve a hajó tulajdonságait – ezzel a módszerrel nem tudták volna az óceán mélyére küldeni a Joyitát.
Az akkori felfokozott hangulatban többen a szovjeteket, valamint a japánokat vádolták a hajó megtámadásával és a legénység elrablásával, ám konkrét, kézzelfogható bizonyítékokkal senki sem szolgált.
Az MV Joyitát később megjavították és 1958-ban ismét üzembe helyezték, de többszöri meghibásodása miatt végül végérvényesen kivonták a forgalomból.
Az eltűnt legénység és utasok tiszteletére Szamoán és a Fakaofo-szigeten emlékköveket emeltek.