A Margit-sziget, mint a Duna egyik leghíresebb szigetének története egészen a római uralomig nyúlik vissza. Területe egykor három szigetrészből állt: a fő szigetből, továbbá ennek a déli csúcsánál elhelyezkedő Festő-szigetből (ismert még Budai- vagy Kis-szigetként is), valamint az északi csúcsnál lévő Fürdő-szigetből.
Az itteni ásatások feliratos köveket, pénzérméket hoztak a felszínre a második, illetve a negyedik századból
és a 19. században több kutató emiatt úgy vélte, hogy talán a sziget északnyugati és keleti partjánál, valamint a Fürdő-szigeten látott vastag falmaradványok római eredetűek. Ezt a feltételezést azonban még nem sikerült igazolni.
A sziget természeti szépségeit az 1196 és 1204 között uralkodó Imre magyar király is felfedezte.
Megtetszett neki a vadregényes táj, ezért úgy vélik, hogy többször helyezte át ide az udvartartását. Az 1012-es és 1267-es évben nagy árvizeket jegyeztek fel amelyek elárasztották a szigetet, de konkrétan csak egy 1225-ből fennmaradt oklevél említi meg először.
Az oklevél szerint az energikus külpolitikájáról valamint az Aranybulláról ismert II. András király az egész területet a premontrei Szent Mihály-prépostságnak adta, ami nem sokkal azelőtt települt be a szigetre.
A premontrei rend jelmondata, a „Contemplata vivere et aliis tradere" (Tekintsünk élni és másokat tanítani) azt jelenti, hogy a rend tagjai a liturgikus- és magánimából, valamint a Szentírás olvasásából nyert tapasztalatok szerint szeretnének élni, és másokat éltetni.
„A premontrei rendet Norbert lovag alapította 1120-ban, aki V. Henrik udvaránál töltötte ifjúsága aranykorát, egy erős égi zivatar alkalmával a leütött villám alkalmával sujtatván eszméletre ébredt, s magasb életcélt tűzvén ki magának, széles birtokát szegények között osztá el, nélkülözés és contenplatinok közt azon határozatra jutott, hogy az anyaszentegyháznak új támaszokat gyűjtsön és neveljen" – írja Radványi Imre, a „Margit-sziget története" című könyvében.
Norbert 1080 körül született az Északnémet–Holland határ közelében Genep várurának fiaként. Előkelő származása révén Xanten város társaskáptalanjának tagja lett, amiből szép jövedelemre tett szert. V. Henrik később kinevezte az udvari kancellárjának
Életrajza szerint a pappá szentelése előtti napon minden vagyonát szétosztotta, majd a pápa engedélyével mezítlábas, darócruhás vándorprédikátor lett.
Ebben az életformában talált követőkre, majd letelepedett az észak-franciaországi Prémontrében. Itt egy olyan szerzetesrendet alapított, amely a szemlélődő szerzetesi életformát az aktív hitéleti tevékenységgel kötötte össze.
A Margit-sziget története szinte egyidős az ország történelmével. A különböző történelmi korszakokban többször megváltoztatták a nevét: viselte a Nyulak-szigete, Urak-szigete, Boldogasszony-szigete, Lánysziget, Kvszadaszi (törökül), Budai sziget, Palatinus-sziget neveket is.
Feltételezések szerint a sziget egykori, nyulakról való elnevezése is a vadregényes tájra utalhat,
ami miatt a sziget a a Budán székelő magyar királyok vadászterületként szolgált.
„Nyulak-szigete a nevét a vadaskerttől vette, mellyet itt az őskirályok a nyulak szaporítására állítottak" – jegyezte fel Beél Mátyás a „Notitia Hungariae Novae" munkájába.
A 13. században a szigetet várral, templomokkal, kolostorokkal és valószínűleg legalább egy faluval népesítették be.
De vajon tényleg a szigetet benépesítő nyulakról kapta egykori nevét a terület? Ezt kérdőjelezte meg többek között Trogmayer Ottó nemzetközileg elismert régész és Széchenyi-díjas muzeológus, aki a Kárpát-medence igen gazdag régészeti leleteit, a magyar régészet nagy pillanatait és jelentős eseményeit elevenítette fel 2005-ben publikált könyvében.
A huszonhárom feltárás közül talán az egyik legérdekesebb kutatás a mai Margit-szigethez kötődik.
A sziget, mely telenként a befagyott Duna jegén is megközelíthető volt, feltehetőleg a leprások karanténja lehetett több száz évvel ezelőtt
– írta Trogmayer Ottó a „Múltbalátó – régészetünk nagy pillanatai" című könyvében. – A félelmetes fertőző betegség elleni védekezés egyik fajtájaként Európa-szerte hasonló vesztegzárakat alkalmaztak.
A régész meg is indokolta tanulmányában állítását, a szigetraevonatkozó latin szavakból kiindulva.. Könyvében rámutat, hogy a „leprások szigete" latinul insula leprorum, ám a nyúl, mint állat neve a lepus, aminek a birtokos esete a leporum.
A szakember szerint a kora középkorban könnyen megeshetett, hogy egy másoló szerzetes elhagyott egyetlen betűt a sziget nevéből,
ami a latin insula leporum, azaz a nyulak szigete elnevezést eredményezte.
A kutató szerint a királyi udvar csak később rendezkedett be a szigeten, és ekkor már nyilvánvalóan nem volt érdeke tovább emlékezni a leprás betegekre. Ekkor terjedhetett el a Nyulak-szigete elnevezés.
IV. Béla király a tatárjárás alatt fogadalmat tett, hogy az ország megmenekülése esetén születendő leányát Istennek ajánlja fel. Margit 1242-ben született meg a dalmáciai Klissza várában, ahol a tatár hadak elől elmenekült királyi család menedékre lelt.
Magyarországra való visszatérte után a király a mindössze három éves leányát a veszprémi apácakolostorba adta.
A gyermek Margit 1252-ben, tíz éves korában költözött át tizenhét társával együtt a számára alapított és építtetett domonkos apácakolostorba a szigetre, amely azóta az ő nevét viseli. IV. Béla a feleségével együtt gyakran meglátogatta őt, és az egész szigetet a kolostornak adományozta, azt a területet kivéve, amit a premontreiek birtokoltak.
Margitot egész életében kitartó elkötelezettség jellemezte.
Családja és hazája sorsa iránt érzett nagy felelősségtudattal, mélységes alázatban, önpusztító aszkézisben, Krisztus iránti misztikus elragadtatásban élt, és nem volt hajlandó elfogadni semmilyen megkülönböztetést a rendtársaitól. Margit halála után a kolostorból hamarosan kultikus kegyhely az ország hitéletének egyik központja lett, és róla nevezték el a szigetet, aki itt hunyt el 1270-ben, huszonnyolc éves korában. Az apácává lett magyar királylányt XII. Pius pápa avatta szentté, 1943. július 13-án.