Gizella magyar királyné II. Henrik, a „Civakodó" ragadványnéven illetett bajor herceg és Burgundi Gizella lányaként látta meg a napvilágot valamikor 984 körül Bad Abbach településen. Bátyjával, a későbbi II. Henrik német-római császárral együtt korán kapcsolatba került a katolikus egyházzal és gondos egyházi nevelést kapott. Családjuk, a Szász-dinasztia semmiképpen sem szerette volna, ha édesapjuk lázongó és kicsapongó életmódját követik, ezért szigorú erkölcsi elvek mentén nőttek fel.
A regensburgi Szent Emmerám templomban, Wolfgang püspök felügyelete alatt tanultak.
A püspök mentorként és vezetőként segítette Gizellát. Henrik 995-ben lépett édesapja örökébe, mint IV. Henrik bajor herceg. Géza magyar fejedelem még ugyanebben az évben megkérte Gizella kezét fia, István számára.
Géza ugyanis fontos szövetségest remélt a házasságkötéstől.
Istvánt német földön akkoriban még Vajk néven emlegették, akit valószínűleg valamikor 994 és 996 között keresztelhetett meg a fejedelmi ifjú keresztény taníttatásáról is gondoskodó Szent Adalbert prágai püspök.
Az esküvőt 996-ban tartották meg; ez volt a magyar fejedelmi család és egy európai uralkodócsalád első dinasztikus házasságkötése. A szertartás helyszíne a bajor Scheyern apátságban volt, és a fiatal párt maga Szent Adalbert adta össze.
A templomban lévő falfreskókon ma is nyomon követhetők az esküvőt megelőző, fényes események.
Nem véletlenül, hiszen mind a magyarok mind pedig a bajorok számára kiemelten fontos volt ez a házasság: István és Gizella esküvője igazi fordulópontot jelentett a magyar történelemben.
Az ekkor még fejedelemasszonynak számító Gizella bajor lovagok kíséretében érkezett meg Magyarországra.
Közülük többen kaptak birtokot, így letelepedtek az országban, és István szolglatába álltak. De nem csak ők. Gizellával együtt jelentős számban német udvarhölgyek, bajor papok, és mesteremberek is érkeztek az országba.
Az okos és céltudatos királyné meghatározó szerepet játszott a keresztény hit és a nyugati kultúra elterjesztésében Magyarországon. Királynévá koronázását a római katolikus egyház örömmel fogadta, amit Gizella meg is hálált: a klérust és a templomokat bőkezű adományokkal támogatta.
De Gizellának nem volt mindig könnyű élete a keresztény magyar állam megteremtője, István mellett. István az 1001. január elsejei koronázása után „Isten kegyelméből" az ország királya lett, és óriási energiával látott hozzá, hogy a magyar törzsek szövetségéből kialakult fejedelemséget egységes keresztény állammá szervezze át.
Új politikai irányvonalat hirdetett és az ellenszegülőket fegyverrel vagy békés úton meg hódoltatta, miközben az ellene irányuló lázadásokkal is szembe kellett néznie.
Gizella templomokat és várakat építtetett, oltárterítőket és templomi szertartási tárgyakat készített, és terelgette a magyarokat a kereszténység útján. Elkötelezettségének egyik bizonyítéka az a miseruha, amiben feltehetően a saját kétkezi munkája is benne van.
Ezt az értékes miseruhát a székesfehérvári Nagyboldogasszony-bazilikának ajándékozta.
A bazilikát később koronázótemplommá szentelték, és az egykori miseruha a magyar királyok koronázási palástjává lett.
Gizella és István házassága nem lehetett túl felhőtlen. Néhány történelmi forrás szerint több gyerekük is született, vannak, akik két fiúról és három lányról tudnak. A két fiút név szerint is ismerjük: az egyikük Ottó, aki igen fiatalon meghalt, illetve Henrik, akit viszont 1083-tól már Imre néven tiszteltek. Gizella és István nagy gondot fordított egyetlen fiuk nevelésére; édesapja az "Intelmek" című írásban azt is összefoglalta számára, hogy melyek egy jó király teendői.
A magyar trón örököse azonban 1031-ben vadászat közben meghalt: amikor egy vadkan halálra sebezte, minden remény elveszett arra, hogy István egyenes ágon adja tovább királyi méltóságát.
Gizella anyai szíve összetört: mindegyik gyerekét el kellett temetnie. Ráadásul nem tudta feledni, hogy a herceg halálában talán szerepet játszott a német–magyar politikai viszony is. Tudta, hogy miután Szent Henrik halálával a bajor uralkodócsalád férfiágon kihalt, ezért az utolsó nőági leszármazott is szóba jöhetett lehetséges örökösként, aki történetesen pont Imre lehetett volna. Még kis sem heverték fiuk elvesztését, és az uralkodópárnak máris egy újabb problémával kellett szembenéznie:
miután István senkit nem látott alkalmasnak, hogy az örökébe lépjen és keresztény hitben tartsa meg az országot, ezért inkább évtizedes háborúskodásba kezdett.
A források szerint ez vezetett egyik unokatestvére, Vazul megvakíttatásához, ráadásul néhány legenda szerint ezt a "megoldást" maga a megkeseredett Gizella királyné találta ki. István azonban 1038-ban meghalt, ezért az özvegy királyné helyzete és biztonsága megrendült.
Hat év múlva elmenekült az országból és Passauban telepedett le, ahol belépett a helyi apácakolostorba.
Itt tevékenykedett a halála napjáig: 1065. május 7-én, 81 évesen halt meg. Sírja népszerű zarándokhellyé vált, imádságai során használt keresztjét és csontját ereklyeként őrizték Münchenben. Gizellát 1911-ben X. Piusz pápa boldoggá avatta.