A Habsburg-ház nagy különce, II. Miksa német-római császár, magyar, valamint cseh király, és Habsburg Mária legidősebb fiúgyermekként 1552. július 18-án látta meg a napvilágot Bécsben. Kamaszéveit a nagybátyja, II. Fülöp madridi udvarában töltötte. A spanyolországi évek hatása nem múlt el nyomtalanul Rudolf későbbi életútja során sem; apjával, a vallási kérdésekben toleráns II. Miksa császárral szemben ugyanis az ellenreformáció elkötelezett híveként bigottan merev nézeteket vallott.
Rudolf kíméletlen protestánsellenessége is közrehatott a 17. század legvéresebb fegyveres konfliktusa, a harmincéves háború kirobbanásában. Apja 1576. október 12-én bekövetkezett halálával Rudolfra szállt a birodalmi trón, valamint a cseh és a magyar korona.
Nem sokkal a trónra lépése után azonban gyorsan lehűtötte a vele szemben táplált várakozásokat,
megüzenve a megrökönyödött cseh, morva és a magyar rendeknek, hogy nem kíván az ország ügyeivel foglalkozni. Hosszúra nyúlt 32 évig tartó uralkodása alatt ezt az ígéretét véres komolysággal be is tartotta: Rudolf ugyanis semmitől sem irtózott jobban, mint az államügyek intézésétől.
Hogy ne kelljen a fárasztó hivatali kötelezettségekkel foglalkoznia, idősebb öccsét, Ernő főherceget Magyarországra, a horvát-szlavón ügyek intézésére pedig ifjabb testvérét, Miksát nevezete ki kormányzónak.
Különc szokásai nagy megütközést keltettek az udvari tanácsosok és a külföldi követek körében,
de ennek ellenére egészen az 1590-es évek elejéig viszonylag még olajozottan ment a kormányzás, mert nagy szerencsére, nem nagyon avatkozott be a tanácsosai munkájába. A 16. század utolsó évtizedében azonban egyre jobban kiütköztek rajta a feltehetően örökletes elmebaj jelei.
Az újkori Habsburgok közös őse, Aragóniai Johanna – aki a sokat sejtető „őrült" előnevet kapta a kortársaitól – súlyos pszichés zavarokban szenvedett, valószínűleg skizofrénia gyötörte. A Habsburg-dinasztiát jellemző belterjes házasságoknak köszönhetően pedig a késői utódok egyikén-másikán is megjelentek az örökletes pszichés betegség tünetei. Őrült Johanna Rudolf dédnagyanyja volt.
Amennyire irtózott az államügyektől, annyira vonzódott az alkímiához és az okkult tanokhoz, de a művészeteket valamint a természettudományokat is erősen pártolta. Minden furcsa különcsége ellenére
Rudolf igen nagy műveltségű színes reneszánsz egyéniségnek számított.
1583-ban az udvartartását áthelyezte Prágába, és a Hradzsint néhány év alatt a korabeli Európa egyik legjelentősebb szellemi-művészeti központjává tette.
Természettudományos műveltsége ellenére is vakon hitt azonban a babonákban és az okkult tanokban. Így például azért nem volt hajlandó házasságot kötni még a család rimánkodása ellenére sem,
mert egy sarlatán azt jósolta neki korábban, hogy a házasság szerencsétlenséget hoz a fejére.
A házasságkötéstől való félelme ellenére Rudolf azonban egyáltalán nem élt aszkéta életet, amit szép számú törvénytelen gyermeke bizonyít. Szenvedélyesen érdekelte az alkímia, az „aranycsinálás" titka; ez a császári szenvedély pedig egész Európából szélhámosok tucatjait vonzotta az udvarába.
Az aranycsináló „mesterek" kisebb vagyonnal felérő pénzösszegeket csikartak ki az uralkodótól kísérleteikhez, majd miután Rudolf gyanakodni kezdett a beígért siker elmaradása miatt,
a fejüket féltve, sietősen elszöktek Prágából.
Ám nemcsak pénzéhes imposztorok, hanem a kor leghíresebb tudósai is felbukkantak a prágai udvarban.
A 16. század legnevesebb észlelő csillagásza, a dán Tycho Brache ugyanúgy Rudolf vendégszeretetét élvezte, mint a modern égi mechanika alapjait lerakó Johann Kepler.
A reneszánsz művészetek iránt érzett csillapíthatatlan vonzalmának köszönhetően olyan híres manierista alkotók szolgálták udvari festőként, mint Giuseppe Arcimboldo, vagy Barthalomeus Spranger.
A hóbortos császár rajongott a műtárgyakért és a különleges relikviákért, amelyeket a királyi palota külön erre a célra létrehozott szárnyában, a messze földön híres Kunstkammer termeiben halmozott fel.
Volt itt minden, Noé bárkájának két szegétől kezdve sárkánycsontokon át a ritka ásványokig, és az elmúlt korok sok száz értékes képzőművészeti remekéig bezárólag. A császár pénzt nem kímélve gyűjtötte az egzotikus állatokat is, amelyek elhelyezésére külön udvari állatkertet építetett.
Egy másik nagy szenvedélyét az órák alkották. Egyszer elhatározta, hogy a több száz darabból álló kollekcióját úgy fogja beszabályozni, hogy az összes óra egyszerre üssön. Az órák - egyébként reménytelen - beállítási kísérlete annyira lekötötte Rudolf figyelmét,
hogy amíg ezzel foglalatoskodott, senkit sem engedett a színe elé járulni.
A prágai udvarba érkezett külföldi követek a császár órahóbortja miatt hosszú hónapokig tartó tétlen várakozásra kényszerültek.
Rudolf sokkal szívesebben társalgott asztrológusokkal és mágusokkal, mint a külföldi udvarok követeivel, vagy a saját tanácsosaival. A Hradzsinban a 16. század két leghíresebb okkultistája, a szellemidéző John Dee és Edward Kelly is szívesen látott vendégnek számított csakúgy mint Löw rabbi, akit a legenda a Gólem szülőatyjaként tart számon. Ennyi elfoglaltság mellett nem is csoda, hogy az uralkodásra már vajmi kevés ideje maradt.
Gyengekezű és tehetetlen uralkodóként Rudolf kezéből éppen akkor csúszott ki a hatalom, amikor a legnagyobb szükség lett volna rá, a törökellenes tizenöt éves háború (1591/1593-1606) évei alatt. Ebben az is komoly szerepet játszott, hogy 1598-tól végleg elhatalmasodott rajta az őrület.
A családi tanács döntése alapján ettől fogva gyakorlatilag már Mátyás főherceg, Rudolf fiatalabb öccse vitte az államügyeket. Mátyás bigott katolikusként a kemény kéz politikáját folytatta a magyarországi protestáns rendekkel szemben, akikre rá akarta kényszeríteni a katolizicmust. Erőszakos rekatolizáló törekvései miatt robbant ki 1604-ben a Bocskai-felkelés.
Bocskai István fejedelem az Oszmán Birodalom támogatásával sikeresen vette fel a harcot a Habsburgok abszolutisztikus törekvéseivel szemben;
az 1606-os bécsi békében Rudolf kénytelen volt szentesíteni Erdély különállását,
valamint bizonyos feltételek kikötése mellett elismerni a protestanizmust. Az egyre kiszámíthatatlanabbul viselkedő, dühkitörésekre és mély depresszióra egyaránt hajlamos Rudolf már formálisan sem volt alkalmas a császári és királyi méltóság betöltésére.
A családi kamarilla ezért a becsvágyó és Rudolf koronájára áhítozó Mátyás főherceg javaslatára elhatározta Rudolf lemondatását az ausztriai, magyarországi és morvaországi jogosítványairól. A puccsszerű lépés után, hogy legalább a prágai trónt megtarthassa, 1609-ben királyi chartát bocsátott ki, amelyben a cseh nemesség és a városok számára biztosította a vallásszabadságot, de két évvel később, 1611-ben Csehországot is kénytelen volt átadni Mátyás számára.
Lemondatása után a Habsburg-ház legkülöncebb ex-királya szigorú felügyelet mellett, gyakorlatilag házi őrizetben élt a Hradzsinban, egészen az 1612. január 20-án bekövetkezett haláláig.